Appel de notes et calques différents InDesign

Bonjour,

J'ai un souci concernant InDesign. Je ne suis pas graphiste de base - donc aucun vocabulaire, aucune notion et aucune "logique" InDesign à proprement parler, j'apprends à manier le logiciel sur le tas pour le travail.

Le souci concerne l'appel de notes et peut-être les calques. 

On m'a donné des documents à mettre en page selon un template spécifique - rempli par un texte précédent et créé par quelqu'un d'autre, extérieur à mon entreprise. Le souci est que lorsque j'intègre le nouveau texte et que je crée un appel de notes, les notes ne se placent pas au même endroit et je ne sais pas comment changer leur emplacement pour qu'elles se dirigent dans le bon bloc. 

Voici ce à quoi cela ressemble dans le template de base que je dois reprendre :

Et ce qu'il se passe quand je crée un appel de notes : 

J'ai déjà réussi à modifier l'appel de notes en général en ajoutant un préfixe / suffixe dans le texte (les crochets), en modifiant les couleurs et en enlevant le trait (appelé filet) mais ce qui vient me poser problème, maintenant, c'est que je n'arrive pas à transvaser les notes dans le calque vert avec l'ombre portée orangée. Si je transpose, la valeur de l'appel de note disparait; + autre problème, je n'arrive pas à recréer l'écart entre les notes et le texte principal comme dans la première capture d'écran :

Voilà, je ne sais pas si j'ai été très clair... Mais merci d'avance pour votre aide!