Llamado de notas y capas diferentes en InDesign

Hola,

Tengo un problema con InDesign. No soy diseñador gráfico de base - así que no tengo vocabulario, ni nociones, ni "lógica" de InDesign propiamente dicha, estoy aprendiendo a manejar el software sobre la marcha para el trabajo.

El problema concierne a las llamadas de notas y tal vez las capas.

Me han dado documentos para maquetar según una plantilla específica - completada con un texto previo y creada por alguien más, externo a mi empresa. El problema es que cuando integro el nuevo texto y creo una llamada de notas, las notas no se colocan en el mismo lugar y no sé cómo cambiar su ubicación para que se dirijan al bloque correcto.

Así es como se ve en la plantilla base que debo retomar:

Y esto es lo que sucede cuando creo una llamada de notas:

Ya he logrado modificar la llamada de notas en general agregando un prefijo/sufijo en el texto (los corchetes), modificando los colores y eliminando la línea (llamada filete), pero lo que me está causando problema ahora es que no puedo transferir las notas a la capa verde con la sombra naranja. Si transfiero, el valor de la llamada de nota desaparece; además, otro problema, no puedo recrear el espacio entre las notas y el texto principal como en la primera captura de pantalla:

Eso es, no sé si he sido muy claro... ¡Pero gracias de antemano por su ayuda!