Error while loading shared libraries: libpapi.so.5.4.3.0

Résolu
hymenoptera Messages postés 37 Statut Membre -  
mamiemando Messages postés 33228 Date d'inscription   Statut Modérateur Dernière intervention   -
Bonjour,

Je viens ici car vraiment cette erreur me rend complètement dingue.

je compile un programme avec scalasca, et à l'analyse de l’exécutable il me dit qu'il ne trouve pas cette foutue libpapi.

"./a.out: error while loading shared libraries: libpapi.so.5.4.3.0: cannot open shared object file: No such file or directory"


bien surs elle est bien installée sur ma machine, et se trouve bien dans mon $LD_LIBRARY_PATH

quand je fais un ldd sur mon exécutable, je confirme qu'il ne trouve pas :

$ ldd a.out 

linux-vdso.so.1 (0x00007ffc91181000)
libcube4w.so.7 => /opt/scorep/lib/libcube4w.so.7 (0x00007fc423885000)
libcubewriter4.so.7 => /opt/scorep/lib/libcubewriter4.so.7 (0x00007fc423681000)
libz.so.1 => /lib64/libz.so.1 (0x00007fc423423000)
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007fc42321f000)
libpapi.so.5.4.3.0 => not found
libstdc++.so.6 => /lib64/libstdc++.so.6 (0x00007fc422e9c000)
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007fc422b9a000)
libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007fc422982000)
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007fc4225c1000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055918a7cc000)


$ locate  libpapi.so.5.4.3.0

/usr/local/lib/libpapi.so.5.4.3.0


$ echo $LD_LIBRARY_PATH
/usr/local/lib64/:/usr/lib:/usr/local/lib/:/home/ilasri/soft/cube/cube-4.3.3/lib:/home/ilasri/soft/scalasca/scalasca-2.2.2/lib:/home/ilasri/soft/scorep/scorep-1.4.2/lib:/home/ilasri/soft/uuid/lib:/home/ilasri/soft/openmpi/openmpi-2.0.2/lib


$ file /usr/local/lib/libpapi.so.5.4.3.0
/usr/local/lib/libpapi.so.5.4.3.0: ELF 64-bit LSB shared object, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked, BuildID[sha1]=1519b2cccf28ca21b690d129c5f33987c8db3c7a, not stripped


je ne sais pas quoi faire d'autre à part exploser mon ordinateur ou changer de métier (que la paix et l'amour soient avec moi)

Merci à toute personne qui peut me venir en aide !

bonne journée

4 réponses

  1. mamiemando Messages postés 33228 Date d'inscription   Statut Modérateur Dernière intervention   7 940
     
    Bonjour,

    Ma réponse sera en deux temps (comment on procède pour faire les choses proprement, et ensuite, comment rattraper ton installation). À toi de voir si tu essayes de réparer ou de repartir sur une installation propre.

    A) La manière propre

    La manière propre de résoudre un problème de librairie non trouvée sous linux consiste à

    1) ... vérifier s'il existe un paquet qui fournit la librairie manquante.

    - Pour les distributions basées sur apt (debian, ubuntu, ...), cela se fait avec
    apt-file
    .
    - Apparemment pour les distributions basées sur rpm (fedora, redhat...), cela se fait avec
    rpm -qa
    (voir ce site)

    Exemple : (sous debian, car je n'ai pas de distribution basée sur rpm sous la main) :

    (mando@aldur) (~) $ apt-file search libpapi.so
    libpapi-dev: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpapi.so
    libpapi5: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpapi.so.5
    libpapi5: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpapi.so.5.5.1.0


    Ici on voit que le paquet s'appelle
    libpapi5
    .

    Note : je suppose que dans ton cas ce serait
    rpm -qa | grep libpapi


    2) ... installer le paquet s'il existe

    Si un tel paquet existe, l'installer suffira à résoudre le problème. Pour une distribution basée sur apt, ce serait typiquement la commande apt-get. Sous fedora, j'imagine que c'est yum ou dnf qui sera utilisé.

    Exemple : (sous debian, car je n'ai pas de distribution basée sur rpm sous la main) : en root :

    apt-get update
    apt-get install libpapi5


    Note : dans ton cas j'imagine que ce serait quelque chose du genre
    yum update
    et
    yum install libpapi5
    .

    3) ... et sinon installer la librairie autrement

    Il faut chercher le site officiel du projet qui fournit soit des sources à compiler et à installer (i.e. un dépôt git), soit des archives prêtes à l'emploi.

    Il semble que dans le cas présent, les sources soient disponibles sur git. Même si installer ainsi ta librairie est faisable, l'installation est plus fastidieuse et moins propre, donc je t'invite à privilégier l'installation par paquet (i.e. via
    yum
    ).

    B) Dans ton cas

    Tu as choisi l'option (3) apparemment. Mais la librairie n'est pas trouvée, probablement parce que tu n'as pas lancé
    ldconfig
    après l'avoir installé.

    Bonne chance
    1
  2. hymenoptera Messages postés 37 Statut Membre 1
     
    Merci pour ta réponse,

    justement comme tu l'as bien dit, j'ai installé papi en compilant le code source.

    mais bon... j'ai suivi quand même ce que tu as dit avec rpm :

     $ rpm -qa | grep papi
    papi-libs-5.4.1-3.fc23.x86_64
    papi-5.4.1-3.fc23.x86_64


    $sudo dnf install papi-libs-5.4.1-3.fc23.x86_64
    Vérification de l'expiration des métadonnées effectuée il y a 1:58:38 sur Thu Oct 26 11:47:46 2017.
    Le paquet papi-libs-5.4.1-3.fc23.x86_64 est déjà installé, ignorer
    Dépendances résolues.
    Rien à faire.
    Terminé !

    $ sudo dnf install papi-5.4.1-3.fc23.x86_64
    Vérification de l'expiration des métadonnées effectuée il y a 1:58:46 sur Thu Oct 26 11:47:46 2017.
    Le paquet papi-5.4.1-3.fc23.x86_64 est déjà installé, ignorer
    Dépendances résolues.
    Rien à faire.
    Terminé !


    je relance mon excécutable :

    ./a.out: error while loading shared libraries: libpapi.so.5.4.3.0: cannot open shared object file: No such file or directory


    O_O AAAAHHHHHHHHHHH :'( :'(
    0
    1. hymenoptera Messages postés 37 Statut Membre 1
       
      En fait je l'ai installé à la main car il n'y avait pas la bonne version RPM,

      mais je ne comprends pas pourquoi il ne trouve pas. :/
      0
  3. dubcek Messages postés 18627 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   5 659
     
    hello
    comme suggéré précedemment, essayer
    sudo ldconfig -v
    0
    1. hymenoptera Messages postés 37 Statut Membre 1
       
      Quand j'utilise libpapi ailleurs ça trouve bien, mais avec ce code précis ça ne trouve pas, je ne saurai dire pourquoi.

      à savoir que je fait une instrumentation avec scalasca, j'utilise exactement les même flag pour deux codes différents. Un ça trouve, l'autre ne trouve pas... comment ne pas casser son ordi avec ça?

      Y a pas moyen de dire à l'exécutable que ta libraire se trouve ICI ?
      0
    2. hymenoptera Messages postés 37 Statut Membre 1
       
      Bon allé c'est bon !

      j'ai fini par tout désinstallé et tout réinstallé et ça a enfin marché ! :)

      merci pour vos réponses. Très bonne journée à tous
      0
    3. mamiemando Messages postés 33228 Date d'inscription   Statut Modérateur Dernière intervention   7 940
       
      Merci pour ton retour, bonne continuation !
      0
  4. mamiemando Messages postés 33228 Date d'inscription   Statut Modérateur Dernière intervention   7 940
     
    Quelle librairie n'est pas trouvée (peux-tu reporter le message d'erreur correspondant) ?

    As-tu regardé si la librairie (fichier
    .so
    ) qui n'est pas trouvée était dans un répertoire standard (e.g.
    /usr/local/lib
    ) ? Si ce n'est pas le cas, tu as peut être juste oublié de faire
    sudo make install
    ?

    Pour répondre à ta dernière question, tu peux au moment de compiler passer des options de compilation pour compléter la liste de répertoires où chercher des librairies.
    https://forums.commentcamarche.net/forum/affich-27031310-compiler-avec-une-librairie-partagee#3

    Bonne chance
    0