PHP5 et XML, parser en fonction de l'attribut
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sly-bzh
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sly-bzh Messages postés 415 Date d'inscription Statut Membre Dernière intervention -
sly-bzh Messages postés 415 Date d'inscription Statut Membre Dernière intervention -
Bonjour à tous et toutes,
Je viens vous voir avec un prblème sur lequel je bute depuis maintenant plus d'une heure.
Voilà j'ai un fichier XML (accessible en entier ici https://www.uniprot.org/uniprot/A0A373.xml ) de la forme suivante :
Oui je sais c'est de la bio mais n'ayez pas peur, je ne vous parlerais pas de bio je le jure !
Ce que je souhaiterais faire c'est récupérer ce qu'il y a entre les balises <text> lorsque l'attribut de la balise <comment> est "subcellular location".
Je pense que c'est assez clair mais si vous voulez plus d'infos, n'hésitez pas, je suis là
D'avance merci
Je viens vous voir avec un prblème sur lequel je bute depuis maintenant plus d'une heure.
Voilà j'ai un fichier XML (accessible en entier ici https://www.uniprot.org/uniprot/A0A373.xml ) de la forme suivante :
-<uniprot xsi:schemaLocation="https://www.uniprot.org/uniprot/ https://www.uniprot.org/docs/uniprot.xsd"> -<entry dataset="Swiss-Prot" created="2007-02-06" modified="2007-10-02" version="5"> <accession>A0A373</accession> <name>RK16_COFAR</name> ... -<comment type="subunit"> <text>Part of the 50S ribosomal subunit.</text> </comment> -<comment type="subcellular location"> <text>Plastid, chloroplast.</text> </comment> ... </entry> </uniprot>
Oui je sais c'est de la bio mais n'ayez pas peur, je ne vous parlerais pas de bio je le jure !
Ce que je souhaiterais faire c'est récupérer ce qu'il y a entre les balises <text> lorsque l'attribut de la balise <comment> est "subcellular location".
Je pense que c'est assez clair mais si vous voulez plus d'infos, n'hésitez pas, je suis là
D'avance merci
A voir également:
- Xml parser error
- Xml download - Télécharger - Édition & Programmation
- Office xml handler - Télécharger - Traitement de texte
- Driveimage xml - Télécharger - Sauvegarde
- Cmos checksum error ✓ - Forum Carte-mère/mémoire
- Playback error reconnect in 3s (1/5) francais - Forum Box et Streaming vidéo
6 réponses
Etant donné que je ne suis pas Breton pour rien, je me suis entêté avec simplexml (je l'avoue ce n'est pas tant parce que je suis tétu que parce que je suis fainéant et DOM me faisait peur....)
Donc voilà ce que j'ai trouvé et surtout ce que j'ai réussi à faire.
Certes, ça marche mais bon j'aurais aimé savoir s'il était possible de le faire sans passer par une boucle foreach parceque j'ai inclus ça dans un script assez lourd, il doit aller chercher des infos sur environ 100 000 protéines donc je cherche toutes les possibilités pour accélérer tout ça.
Si c'est possible de le faire sans boucle tant mieux mais sinon tant pis, je suppose que de toutes façon ce n'est pas tant que ça la boucle qui va ralentir, étant donné qu'il va chercher le xml sur un site éloigné.
Merci de votre réponse
Donc voilà ce que j'ai trouvé et surtout ce que j'ai réussi à faire.
$xml = simplexml_load_file('http://beta.uniprot.org/uniprot/A0T0M2.xml');
foreach($xml->entry[0]->comment as $comment)
{
switch((string) $comment['type']){
case 'subcellular location':
$location=$comment->text;
echo "<BR /> la localisation subcellulaire de la protéine est : ".$location;
if ($location == '%chloroplast%')
{$nbre_chloro++;}
break;
}
}
Certes, ça marche mais bon j'aurais aimé savoir s'il était possible de le faire sans passer par une boucle foreach parceque j'ai inclus ça dans un script assez lourd, il doit aller chercher des infos sur environ 100 000 protéines donc je cherche toutes les possibilités pour accélérer tout ça.
Si c'est possible de le faire sans boucle tant mieux mais sinon tant pis, je suppose que de toutes façon ce n'est pas tant que ça la boucle qui va ralentir, étant donné qu'il va chercher le xml sur un site éloigné.
Merci de votre réponse
En faite, SimpleXML c'est du DOM mais en très simplifié.
J'ai fait un code quasi similaire à ce que tu veux faire et j'ai été obligé d'utiliser le DOM.
Le DOM est plus complet, tu devrais donc trouver toutes les fonctions dont tu as besoin.
Thamior.
J'ai fait un code quasi similaire à ce que tu veux faire et j'ai été obligé d'utiliser le DOM.
Le DOM est plus complet, tu devrais donc trouver toutes les fonctions dont tu as besoin.
Thamior.
Bonjour,
Tu peux y arriver en utilisant le DOM.
Regarde sur ce site : http://fr.php.net/dom tu as toutes les fonctions du DOM pour le faire.
Thamior.
Tu peux y arriver en utilisant le DOM.
Regarde sur ce site : http://fr.php.net/dom tu as toutes les fonctions du DOM pour le faire.
Thamior.
J'étais pluôt parti pour utiliser le simplexml et j'avais déja "créé" ça (oui je sais j'ai oublié de le mettre dans le premier post...)
Mais évidemment ça marche pas sinon je serais pas ici XD
Simplexml m'avait l'air plus simple à utiliser que le DOM mais bon je vais voir avec le DOM
Merci
$xml = simplexml_load_file('http://beta.uniprot.org/uniprot/A0A373.xml');
$subcellular_location = $xml->entry[0]->comment['value="subcellular location"'];
echo "<BR /> la localisation subcellulaire de la protéine est : ".$subcellular_location;
Mais évidemment ça marche pas sinon je serais pas ici XD
Simplexml m'avait l'air plus simple à utiliser que le DOM mais bon je vais voir avec le DOM
Merci
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