Algoritme Cryptage

String i = sc.nextLine();
  System.out.println("Cryptage en cours...");
  i = i.toUpperCase();
  if (i.contains(U[0]))
      a = i.replace(U[0], U[0+2]+"-"+U[0+1]+U[0+5]+"00");
  if (i.contains(U[1]))
   b = i.replace(U[1], U[1+2]+"-"+U[1+1]+U[1+5]+"11");

  System.out.println(a+b+c+d+e+f+g+h+j+k+l+m+n+o+p+q+r+s+t+u+v+w+x+y+z+zz);

"AB".replace("A","?"); // "?B"
"AB".replace("B","?"); // "A?"
"ABBBB".replace("A","?"); // "?BBB"
"ABBBB".replace("B","?"); // "A????"

import java.util.Scanner;

public class echo {
    public static void main(String[] args) {
        System.out.print("Entrez votre mot de passe : ");

        Scanner sc = new Scanner(System.in);
        String line = sc.nextLine().toUpperCase();

        for (char c = 'A'; c <= 'Z'; c++) {
            if (line.indexOf(c) == -1) // si la lettre n'est pas dans le mot
                continue; // on passe à la lettre suivante

            if (c <= 'U') // U[0+2]+"-"+U[0+1]+U[0+5]
                System.out.printf("%c-%c%c", c+2, c+1, c+5);
            else // U[25-2]+"-"+U[25-1]+U[25-5]
                System.out.printf("%c-%c%c", c-2, c-1, c-5);

            if (c <= 'J') // "00" à "99"
                System.out.printf("%d%d", c-'A', c-'A');
            else if (c <= 'S') // "10" à "90"
                System.out.printf("%d0", c-'J');
            else // "01" à "07"
                System.out.printf("0%d", c-'S');
        }

        System.out.println();
    }
}

Mais attention :
"BCA" ou "AABABCBC" vaudront aussi "C-BF00D-CG11E-DH22" !
En effet ta somme a+b+c+d... prends en compte l'ordre de l'alphabet, pas celui des lettres telles qu'elles apparaissent dans le mot à "crypter".

Dans ton cas une Map et quelques boucles for seraient les bienvenues...

import java.util.Map;
import java.util.Scanner;
import java.util.TreeMap;

public class echo {
    public static void main(String[] args) {

        Map<Character, String> converter = new TreeMap<>();

        for (char c = 'A'; c <= 'Z'; c++) {

            String s;

            if (c <= 'U')
                s = String.format("%c-%c%c", c+2, c+1, c+5);
            else
                s = String.format("%c-%c%c", c-2, c-1, c-5);

            if (c <= 'J')
                s += String.format("%d%d", c-'A', c-'A');
            else if (c <= 'S')
                s += String.format("%d0", c-'J');
            else
                s += String.format("0%d", c-'S');

            converter.put(c, s);
        }

        //System.out.println(converter);

        System.out.print("Entrez votre mot de passe : ");

        Scanner sc = new Scanner(System.in);
        String line = sc.nextLine().toUpperCase();

        for (char c : line.toCharArray())
            System.out.print(converter.get(c));

        System.out.println();
    }
}

import java.util.Map.Entry;

String unknown = "D-CG11K-JN88P-OS40I-HL66Q-PT50";
for (Entry<Character, String> entry : converter.entrySet())
    unknown = unknown.replace(entry.getValue(), entry.getKey().toString());        
System.out.println(unknown);

String unknown = "D-CG11K-JN88P-OS40I-HL66Q-PT50";