Probleme avec la commande source
Bonjour,
pour l'installation du logiciel freesurfer j'ai besoin d'exécuter les deux commandes :
setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
hors qu'il m'affiche un message d'erreur pour la deuxieme me disant que le fichier SetUpFreeSurfer.csh n'existe pas alors que il existe dans le freesurfer.
merci de m'envoyer vos réponses .
<config>Linux Firefox 3.6.10</config>
pour l'installation du logiciel freesurfer j'ai besoin d'exécuter les deux commandes :
setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
hors qu'il m'affiche un message d'erreur pour la deuxieme me disant que le fichier SetUpFreeSurfer.csh n'existe pas alors que il existe dans le freesurfer.
merci de m'envoyer vos réponses .
<config>Linux Firefox 3.6.10</config>
26 réponses
Résumé de la discussion
Le fil porte sur l'installation de FreeSurfer sous Linux et les difficultés rencontrées lors de l'exécution des commandes setenv FREESURFER_HOME et SetUpFreeSurfer.csh, avec des messages indiquant que le fichier n'existe pas ou manque d'accès. Plusieurs réponses soulignent l'importance de cheminer correctement avec un chemin commençant par /usr/local/freesurfer et de vérifier les droits sur SetUpFreeSurfer.csh, notamment en cas de message 'Permission non accordée'. Des échanges évoquent aussi des différences entre bash et csh dans la syntaxe de source, et l'usage du slash initial indiquant la racine du système pour l'emplacement de SetUpFreeSurfer.csh. En cas d'accès refusé, certains recommandent d'exécuter en root et de vérifier propriétés d'exécution ou la présence du fichier dans le répertoire d'installation.
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ContributeurSalut
As tu vérifier les droits sur le fichier?
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salut,
merci pour votre réponse.
oui j'ai vérifié en éxécutant la commande ls -l -t voilà ce qu'il m'affiche:
-rwxr-xr-x 1 root root 1394 2011-12-30 14:48 SetUpFreeSurfer.csh -
ContributeurSalut,
setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
Il ne manque pas un slash devant ?
setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
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@Xavstarblues: j'ai éxécuté la commande et voilà ce qu'elle me renvoi :
/root> chmod 777 SetUpFreeSurfer.csh
chmod: ne peut accéder 'SetUpFreeSurfer.csh': Permission non accordée
@zip31: je ne sais pas, j'ai copié la commande du site du freesurfer et dans touts les site elle est écrite ainsi. -
il y a ça comme site: http://biowulf.nih.gov/apps/freesurfer.html
je n'arrive pas à accéder au site du freesurferwiki pour vous donner le lien-
Contributeur
bash shell: export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.sh csh/tcsh shell: setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.csh
Que ce soit en bash ou en csh, les 2 ont le slash (la racine du système) en début de chemin ;-((
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et maintenant il m'affiche cette erreur :
% source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.csh
/usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.csh: Too many open files. -
Contributeurhello
que répond la commandelimit descriptors
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hello dubcek
la commande répond :no such limit -
Contributeurque répond la commande
limit
-
% limit
cputime unlimited
filesize unlimited
datasize unlimited
stacksize 8192 kbytes
coredumpsize 0 kbytes
memoryuse unlimited
memorylocked 64 kbytes
maxproc unlimited
openfiles 1024 -
Contributeuressayer en root
limit openfiles 2048
-
quand j'exécute la commande limit en root ça donne ça:
/root> limit
cputime unlimited
filesize unlimited
datasize unlimited
stacksize 8192 kbytes
coredumpsize 0 kbytes
memoryuse unlimited
vmemoryuse unlimited
descriptors 1024
memorylocked 64 kbytes
maxproc unlimited
et quand j'execute la commande : limit openfiles 2048
le résultat: no such limit -
Contributeuressaye en root
limit descriptors 2048
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la réponse :limit: descriptors: Can't set limit (Opération non permise)
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Contributeuren root ?
~/tmp/a# limit descriptors descriptors 1024 ~/tmp/a# limit descriptors 2048 ~/tmp/a# limit descriptors descriptors 2048 ~/tmp/a#
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:/root> descriptors 1024
descriptors: Command not found.
nassima:/root> limit descriptors
descriptors 1024
:/root> limit descriptors 2048
limit: descriptors: Can't set limit (Opération non permise) -
Contributeurquelle est la limite ?
limit -h
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bonjour,
c bon la commande limit descriptors 2048 a marché, mais à l'exécution de la commande : source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh j'ai toujours la meme erreur too many open files -
Contributeuret en bash ?
bash export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.sh
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merci ça a marché, mais j'ai un autre souci si vous pouvez m'aider car je dois maintenant exécuter la commande qdec
il m'affiche cette erreur :
/usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin: Erreur de format pour exec(). Binary file not executable.
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