probleme avec la commande source Fermé

Question

Bonjour,
pour l'installation du logiciel freesurfer j'ai besoin d'exécuter les deux commandes :
setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
hors qu'il m'affiche un message d'erreur pour la deuxieme me disant que le fichier SetUpFreeSurfer.csh n'existe pas alors que il existe dans le freesurfer.
merci de m'envoyer vos réponses .

<config>Linux Firefox 3.6.10</config>

Xavstarblues · Answer

Salut
As tu vérifier les droits sur le fichier?

dihia · Answer

salut,
merci pour votre réponse.
oui j'ai vérifié en éxécutant la commande ls -l -t voilà ce qu'il m'affiche:
-rwxr-xr-x  1 root root  1394 2011-12-30 14:48 SetUpFreeSurfer.csh

zipe31 · Answer

Salut,

setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer 
Il ne manque pas un slash devant ?

setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer

dihia · Answer

@Xavstarblues: j'ai éxécuté la commande et voilà ce qu'elle me renvoi :
/root> chmod 777 SetUpFreeSurfer.csh
chmod: ne peut accéder 'SetUpFreeSurfer.csh': Permission non accordée

 @zip31: je ne sais pas, j'ai copié la commande du site du freesurfer et dans touts les site elle est écrite ainsi.

dihia · Answer

il y a ça comme site: http://biowulf.nih.gov/apps/freesurfer.html
je n'arrive pas à accéder  au site du freesurferwiki pour vous donner le lien

dihia · Answer

et maintenant il m'affiche cette erreur :
% source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.csh
/usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.csh: Too many open files.

dubcek · Answer

hello
que répond la commande
limit descriptors

dihia · Answer

hello dubcek
 la commande répond :no such limit

dubcek · Answer

que répond la commande limit

dihia · Answer

% limit
cputime 	unlimited
filesize 	unlimited
datasize 	unlimited
stacksize 	8192 kbytes
coredumpsize 	0 kbytes
memoryuse 	unlimited
memorylocked 	64 kbytes
maxproc 	unlimited
openfiles 	1024

dubcek · Answer

essayer en root
limit openfiles 2048

dihia · Answer

quand j'exécute la commande limit en root ça donne ça:
/root> limit
cputime      unlimited
filesize     unlimited
datasize     unlimited
stacksize    8192 kbytes
coredumpsize 0 kbytes
memoryuse    unlimited
vmemoryuse   unlimited
descriptors  1024 
memorylocked 64 kbytes
maxproc      unlimited

et quand j'execute la commande : limit openfiles 2048 
le résultat: no such limit

dubcek · Answer

essaye en root
limit descriptors 2048

dihia · Answer

la réponse :limit: descriptors: Can't set limit (Opération non permise)

dubcek · Answer

en root ?~/tmp/a# limit descriptors  
descriptors  1024 
~/tmp/a# limit descriptors 2048
~/tmp/a# limit descriptors
descriptors  2048 
~/tmp/a#

dihia · Answer

:/root> descriptors  1024 
descriptors: Command not found.
nassima:/root>  limit descriptors  
descriptors  1024 
:/root> limit descriptors 2048
limit: descriptors: Can't set limit (Opération non permise)

dubcek · Answer

quelle est la limite ?
limit -h

dihia · Answer

bonjour,
 
c bon la commande limit descriptors 2048 a  marché, mais à l'exécution de la commande : source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh j'ai toujours la meme erreur too many open files

dubcek · Answer

et en bash ?
bash
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer   
source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.sh

dihia · Answer

merci ça a marché, mais j'ai un autre souci si vous pouvez m'aider car je dois maintenant exécuter la commande qdec 
il m'affiche cette erreur :
/usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin: Erreur de format pour exec(). Binary file not executable.

dubcek · Answer

que répond 
file /usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin
ls -l /usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin

dihia · Answer

la première commande :
/usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (GNU/Linux), statically linked, stripped
 
la seconde:
:~# ls -l /usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin
-rwxr-xr-x 1 root root 3834580 2011-05-22 15:59 /usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin

dubcek · Answer

c'et un Linux 64 bits ?
uname -a
getconf LONG_BIT

dihia · Answer

root@nas:~# uname -a
Linux nas2.6.35-22-generic #33-Ubuntu SMP Sun Sep 19 20:34:50 UTC 2010 i686 GNU/Linux
root@nas:~# getconf LONG_BIT
32

dubcek · Answer

des exécutables 64 bits sur un système 32 bits, ça ne peut pas marcher.
il faut télécharger la version 32 bits

dihia · Answer

bonsoir,
merci beaucoup pour votre aide vous aviez raison j'ai installé ubuntu 64 bit et j'ai réussis à installer le freesurfer .

Probleme avec la commande source

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