Problema con el comando source

dihia -  
 dihia -
Hola,
para la instalación del software freesurfer necesito ejecutar los dos comandos:
setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
sin embargo, me muestra un mensaje de error para el segundo diciendo que el archivo SetUpFreeSurfer.csh no existe cuando en realidad existe en freesurfer.
gracias por enviarme sus respuestas.

<config>Linux Firefox 3.6.10</config>

26 respuestas

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Xavstarblues Mensajes publicados 10585 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   1 858
 
Hola
¿Has verificado los derechos sobre el archivo?

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Gracias por leer la carta (arriba de la lista de foros). Gracias por marcar tus temas como resueltos.
Dura Lex, Sed Lex
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dihia
 
Hola,
gracias por tu respuesta.
Sí, he verificado ejecutando el comando ls -l -t y esto es lo que me muestra:
-rwxr-xr-x 1 root root 1394 2011-12-30 14:48 SetUpFreeSurfer.csh
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Xavstarblues Mensajes publicados 10585 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   1 858
 

¿Puedes hacer un
chmod 777 en el archivo y volver a probar tu comando?
O asegurarte de que estás ejecutando tu comando como root?
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zipe31 Mensajes publicados 34620 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   6 501
 
Hola,

setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
¿No falta una barra delante?

setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer 

--
Zen mis nueces ;-)
Hagan un gesto por el medio ambiente, cierren sus ventanas y adopten un pingüino.
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dihia
 
@Xavstarblues: he ejecutado el comando y esto es lo que me devuelve:
/root> chmod 777 SetUpFreeSurfer.csh
chmod: no se puede acceder a 'SetUpFreeSurfer.csh': Permiso denegado

@zip31: no sé, copié el comando del sitio de freesurfer y en todos los sitios se escribe así.
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zipe31 Mensajes publicados 34620 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   6 501
 
he copiado el comando del sitio de freesurfer
¿Tienes un enlace?

¿Tu shell es csh?
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dihia
 
hay este sitio: http://biowulf.nih.gov/apps/freesurfer.html
no puedo acceder al sitio del freesurferwiki para darte el enlace.
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zipe31 Mensajes publicados 34620 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   6 501
 
 bash shell: export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.sh csh/tcsh shell: setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.csh 

Tanto en bash como en csh, ambos tienen la barra (/ la raíz del sistema) al principio de la ruta ;-((
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dihia
 
y ahora me muestra este error:
% source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.csh
/usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.csh: Demasiados archivos abiertos.
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dubcek Mensajes publicados 18702 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 658
 
hola
¿qué responde el comando
limit descriptors
?
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dihia
 
hola dubcek
el comando responde: no existe tal límite
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dubcek Mensajes publicados 18702 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 658
 
¿Qué responde el comando 
limit
?</pre>
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dihia
 
% límite
tiempo de CPU ilimitado
tamaño de archivo ilimitado
tamaño de datos ilimitado
tamaño de pila 8192 kbytes
tamaño de volcado de núcleo 0 kbytes
uso de memoria ilimitado
memoria bloqueada 64 kbytes
máx. procesos ilimitados
archivos abiertos 1024
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dubcek Mensajes publicados 18702 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 658
 
intentar en root
limitar archivos abiertos 2048
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dihia
 
cuando ejecuto el comando limit como root, esto es lo que da:
/root> limit
cputime unlimited
filesize unlimited
datasize unlimited
stacksize 8192 kbytes
coredumpsize 0 kbytes
memoryuse unlimited
vmemoryuse unlimited
descriptors 1024
memorylocked 64 kbytes
maxproc unlimited

y cuando ejecuto el comando: limit openfiles 2048
el resultado: no existe tal límite
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dubcek Mensajes publicados 18702 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 658
 
intenta como root
limitar descriptores 2048
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dihia
 
la respuesta: limit: descriptores: No se puede establecer un límite (Operación no permitida)
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dubcek Mensajes publicados 18702 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 658
 
~/tmp/a# limit descriptors descriptores 1024 ~/tmp/a# limit descriptors 2048 ~/tmp/a# limit descriptors descriptores 2048 ~/tmp/a# 
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dihia
 
:/root> descriptores 1024
descriptores: Comando no encontrado.
nassima:/root> límite descriptores
descriptores 1024
:/root> límite descriptores 2048
límite: descriptores: No se puede establecer el límite (Operación no permitida)
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dubcek Mensajes publicados 18702 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 658
 
¿Cuál es el límite?
limit -h
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dihia
 
Hola,

la orden limit descriptors 2048 funcionó, pero al ejecutar el comando: source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh sigo teniendo el mismo error demasiados archivos abiertos.
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dubcek Mensajes publicados 18702 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 658
 

bash export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh 
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dihia
 
gracias, funcionó, pero tengo otro problema si puedes ayudarme porque ahora debo ejecutar el comando qdec
me muestra este error:
/usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin: Error de formato para exec(). Archivo binario no ejecutable.
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