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Problema con el comando source

dihia -  
 dihia -
Hola,
para la instalación del software freesurfer necesito ejecutar los dos comandos:
setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
sin embargo, me muestra un mensaje de error para el segundo diciendo que el archivo SetUpFreeSurfer.csh no existe cuando en realidad existe en freesurfer.
gracias por enviarme sus respuestas.

<config>Linux Firefox 3.6.10</config>

26 respuestas

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  1. Xavstarblues Mensajes publicados 10585 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   1 858
     
    Hola
    ¿Has verificado los derechos sobre el archivo?

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    Gracias por leer la carta (arriba de la lista de foros). Gracias por marcar tus temas como resueltos.
    Dura Lex, Sed Lex
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  2. dihia
     
    Hola,
    gracias por tu respuesta.
    Sí, he verificado ejecutando el comando ls -l -t y esto es lo que me muestra:
    -rwxr-xr-x 1 root root 1394 2011-12-30 14:48 SetUpFreeSurfer.csh
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    1. Xavstarblues Mensajes publicados 10585 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   1 858
       

      ¿Puedes hacer un
      chmod 777 en el archivo y volver a probar tu comando?
      O asegurarte de que estás ejecutando tu comando como root?
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  3. zipe31 Mensajes publicados 34620 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   6 501
     
    Hola,

    setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
    ¿No falta una barra delante? 

    setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer

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    Zen mis nueces ;-)
    Hagan un gesto por el medio ambiente, cierren sus ventanas y adopten un pingüino.
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  4. dihia
     
    @Xavstarblues: he ejecutado el comando y esto es lo que me devuelve:
    /root> chmod 777 SetUpFreeSurfer.csh
    chmod: no se puede acceder a 'SetUpFreeSurfer.csh': Permiso denegado

    @zip31: no sé, copié el comando del sitio de freesurfer y en todos los sitios se escribe así.
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    1. zipe31 Mensajes publicados 34620 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   6 501
       
      he copiado el comando del sitio de freesurfer
      ¿Tienes un enlace?

      ¿Tu shell es csh?
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  6. dihia
     
    hay este sitio: http://biowulf.nih.gov/apps/freesurfer.html
    no puedo acceder al sitio del freesurferwiki para darte el enlace.
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    1. zipe31 Mensajes publicados 34620 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   6 501
        
       bash shell: export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.sh csh/tcsh shell: setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.csh

      Tanto en bash como en csh, ambos tienen la barra (/ la raíz del sistema) al principio de la ruta ;-((
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  7. dihia
     
    y ahora me muestra este error:
    % source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.csh
    /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.csh: Demasiados archivos abiertos.
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  8. dubcek Mensajes publicados 18627 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 660
     
    hola
    ¿qué responde el comando 
    limit descriptors
    ?
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  9. dihia
     
    hola dubcek
    el comando responde: no existe tal límite
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  10. dubcek Mensajes publicados 18627 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 660
     
    ¿Qué responde el comando 
    limit
    ?</pre>
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  11. dihia
     
    % límite
    tiempo de CPU ilimitado
    tamaño de archivo ilimitado
    tamaño de datos ilimitado
    tamaño de pila 8192 kbytes
    tamaño de volcado de núcleo 0 kbytes
    uso de memoria ilimitado
    memoria bloqueada 64 kbytes
    máx. procesos ilimitados
    archivos abiertos 1024
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  12. dubcek Mensajes publicados 18627 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 660
     
    intentar en root 
    limitar archivos abiertos 2048
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  13. dihia
     
    cuando ejecuto el comando limit como root, esto es lo que da:
    /root> limit
    cputime unlimited
    filesize unlimited
    datasize unlimited
    stacksize 8192 kbytes
    coredumpsize 0 kbytes
    memoryuse unlimited
    vmemoryuse unlimited
    descriptors 1024
    memorylocked 64 kbytes
    maxproc unlimited

    y cuando ejecuto el comando: limit openfiles 2048
    el resultado: no existe tal límite
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  14. dubcek Mensajes publicados 18627 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 660
     
    intenta como root 
    limitar descriptores 2048
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  15. dihia
     
    la respuesta: limit: descriptores: No se puede establecer un límite (Operación no permitida)
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  16. dubcek Mensajes publicados 18627 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 660
     
    ~/tmp/a# limit descriptors descriptores 1024 ~/tmp/a# limit descriptors 2048 ~/tmp/a# limit descriptors descriptores 2048 ~/tmp/a#
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  17. dihia
     
    :/root> descriptores 1024
    descriptores: Comando no encontrado.
    nassima:/root> límite descriptores
    descriptores 1024
    :/root> límite descriptores 2048
    límite: descriptores: No se puede establecer el límite (Operación no permitida)
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  18. dubcek Mensajes publicados 18627 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 660
     
    ¿Cuál es el límite? 
    limit -h
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  19. dihia
     
    Hola,

    la orden limit descriptors 2048 funcionó, pero al ejecutar el comando: source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh sigo teniendo el mismo error demasiados archivos abiertos.
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  20. dubcek Mensajes publicados 18627 Fecha de registro   Estado Colaborador Última intervención   5 660
     

    bash export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
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  21. dihia
     
    gracias, funcionó, pero tengo otro problema si puedes ayudarme porque ahora debo ejecutar el comando qdec
    me muestra este error:
    /usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin: Error de formato para exec(). Archivo binario no ejecutable.
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