Référencement domaine / sous-domaine

Bonjour à tous,

Mon problème concerne le site de mon association...
A savoir que nous gérons plusieurs sites consacrés à différents domaines de la culture (cinéma, littérature, société, créations personnelles).
Le site est organisé depuis un portail (http://www.tortillapolis.org) et se divise en plusieurs sous-domaines (tortillafilms.tortillapolis.org , tortillalivres.tortillapolis.org etc...)

Le problème est au niveau du référencement... Je ne sais pas trop si je dois référencer le nom de domaine (et donc la page du portail, pratiquement vide) en espérant que les moteurs de recherche se chargeront de répertorier les pages des sous-domaines, ou bien référencer les sous-domaines un à un. Google a bien référencé les sous-domaines depuis la page d'accueil, tout seul comme un grand, mais le truc, c'est surtout au niveau des annuaires. Il n'y a pas beaucoup d'annuaires qui proposent des catégories regroupant toutes nos activités, et on s'est déjà fait jeter de plusieurs d'entre eux, j'imagine pour une histoire de catégorie non appropriée.
Donc en gros, est-ce que je dois obligatoirement référencer tous nos sous-domaines un par un dans les annuaires ?

Désolé si la question vous semble saugrenue, mais on est pas vraiment doués (voire vraiment pas doués) pour toutes ces questions là.

Merci d'avance !