Probleme avec la commande source
pour l'installation du logiciel freesurfer j'ai besoin d'exécuter les deux commandes :
setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
hors qu'il m'affiche un message d'erreur pour la deuxieme me disant que le fichier SetUpFreeSurfer.csh n'existe pas alors que il existe dans le freesurfer.
merci de m'envoyer vos réponses .
<config>Linux Firefox 3.6.10</config>
26 réponses
Le fil porte sur l'installation de FreeSurfer sous Linux et les difficultés rencontrées lors de l'exécution des commandes setenv FREESURFER_HOME et SetUpFreeSurfer.csh, avec des messages indiquant que le fichier n'existe pas ou manque d'accès. Plusieurs réponses soulignent l'importance de cheminer correctement avec un chemin commençant par /usr/local/freesurfer et de vérifier les droits sur SetUpFreeSurfer.csh, notamment en cas de message 'Permission non accordée'. Des échanges évoquent aussi des différences entre bash et csh dans la syntaxe de source, et l'usage du slash initial indiquant la racine du système pour l'emplacement de SetUpFreeSurfer.csh. En cas d'accès refusé, certains recommandent d'exécuter en root et de vérifier propriétés d'exécution ou la présence du fichier dans le répertoire d'installation.
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bonsoir,
merci beaucoup pour votre aide vous aviez raison j'ai installé ubuntu 64 bit et j'ai réussis à installer le freesurfer . -
Contributeurdes exécutables 64 bits sur un système 32 bits, ça ne peut pas marcher.
il faut télécharger la version 32 bits -
root@nas:~# uname -a
Linux nas2.6.35-22-generic #33-Ubuntu SMP Sun Sep 19 20:34:50 UTC 2010 i686 GNU/Linux
root@nas:~# getconf LONG_BIT
32 -
Contributeurc'et un Linux 64 bits ?
uname -a getconf LONG_BIT
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la première commande :
/usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (GNU/Linux), statically linked, stripped
la seconde:
:~# ls -l /usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin
-rwxr-xr-x 1 root root 3834580 2011-05-22 15:59 /usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin -
Contributeurque répond
file /usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin ls -l /usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin
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merci ça a marché, mais j'ai un autre souci si vous pouvez m'aider car je dois maintenant exécuter la commande qdec
il m'affiche cette erreur :
/usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin: Erreur de format pour exec(). Binary file not executable. -
Contributeuret en bash ?
bash export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.sh
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bonjour,
c bon la commande limit descriptors 2048 a marché, mais à l'exécution de la commande : source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh j'ai toujours la meme erreur too many open files -
Contributeurquelle est la limite ?
limit -h
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:/root> descriptors 1024
descriptors: Command not found.
nassima:/root> limit descriptors
descriptors 1024
:/root> limit descriptors 2048
limit: descriptors: Can't set limit (Opération non permise) -
Contributeuren root ?
~/tmp/a# limit descriptors descriptors 1024 ~/tmp/a# limit descriptors 2048 ~/tmp/a# limit descriptors descriptors 2048 ~/tmp/a#
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la réponse :limit: descriptors: Can't set limit (Opération non permise)
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Contributeuressaye en root
limit descriptors 2048
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quand j'exécute la commande limit en root ça donne ça:
/root> limit
cputime unlimited
filesize unlimited
datasize unlimited
stacksize 8192 kbytes
coredumpsize 0 kbytes
memoryuse unlimited
vmemoryuse unlimited
descriptors 1024
memorylocked 64 kbytes
maxproc unlimited
et quand j'execute la commande : limit openfiles 2048
le résultat: no such limit -
Contributeuressayer en root
limit openfiles 2048
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% limit
cputime unlimited
filesize unlimited
datasize unlimited
stacksize 8192 kbytes
coredumpsize 0 kbytes
memoryuse unlimited
memorylocked 64 kbytes
maxproc unlimited
openfiles 1024 -
Contributeurque répond la commande
limit
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hello dubcek
la commande répond :no such limit -
Contributeurhello
que répond la commandelimit descriptors
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