Erreur lors de php bin/console doctrine:migrations:migrate

L'erreur indique que la colonne topo_id existe déjà dans la table media.

Regarde dans ton fichier migrations\Version20210005200553.php, je suppose que cette migration doit contenir au moins deux requêtes : une première requête pour créer la colonne topo_id ("ALTER TABLE media ADD topo_id...") puis une seconde pour définir la clé étrangère ("ALTER TABLE media ADD CONSTRAINT FK_...") et surement une troisième pour ajouter un index.

La première fois que tu as appliqué la migration (via doctrine:migration:migrate), la première requête pour créer la colonne a dû correctement s'exécuter, d'où le fait qu'elle soit déjà présente dans la table media. En voulant appliquer une seconde fois cette migration après avoir vider les données de la base, cette requête retourne donc une erreur puisque la colonne existe déjà.

Le plus simple à mon avis est de supprimer la colonne puis relancer la migration :

php bin/console doctrine:query:sql "ALTER TABLE media DROP topo_id"
php bin/console d:m:m

Les requêtes pour appliquer la migrations (ADD CONSTRAINT FK, CREATE INDEX) sont dans la fonction up() de ta classe Version20210005200553. Les requêtes pour annuler la migration et revenir à la précédente version (DROP FOREIGN KEY, DROP INDEX) sont dans la fonction down().

Essaye de revenir à la précédente version de ta base en exécutant les requêtes de la fonction down() pour supprimer les index, contraintes et colonnes pour enfin essayer d'appliquer une nouvelle fois la migration.

Il s'agit d'un projet déjà déployé avec une base de données en production ? Dans le cas contraire, pas de risque de casser le site.

Si tu n'as pas modifié tes entités, il n'est pas nécessaire de générer une nouvelle migration (aucune migration ne sera générée si tes entités ne sont pas modifiés, en effet il n'y a alors pas de modification à faire sur les tables de bdd).

Ta base de données est pour faire simple le reflet de tes entités.
Tant que tu es en développement, tu peux toujours reconstruire ta base de données en exécutant les différentes migrations générées. Tu peux aussi supprimer toutes les migrations déjà créées pour générer une migration plus "claire" correspondant aux dernières modifications des tes entités.
La table migration dans la bdd permet de savoir quelles sont les migrations déjà appliqués et donc de connaitre l'état des tables.

Un exemple très simplifié :
1. Je crée une entité Post avec deux propriétés id et title
2. Je génère et j'applique une migration : puisque la table n'existe pas encore en bdd, cette migration va donc contenir le code sql pour créer la table : CREATE TABLE Post (id, title)...
3. J'ajoute une propriété content à mon entité Post
4. Je génère et j'applique une nouvelle migration pour que la table Post corresponde à mon entité. Puisque la table existe déjà, le code sql de cette migration sera donc simplement l'ajout d'une colonne : ALTER TABLE Post ADD content...
5. Je décide de supprimer les migrations dans le dossier migrations du projet et je supprime également la table migration dans la base de données puis je génère une nouvelle migration. Celle-ci devrait alors recréer la table avec 3 colonnes : CREATE TABLE Post (id, title, content)...


Plus d'infos sur la doc de Symfony et également sur la documentation du projet Doctrine Migration :
https://www.doctrine-project.org/projects/doctrine-migrations/en/current/index.html