Requête base de donnée

Bonjour,

j'ai une protéine A qui est constitué de 2 sous-unité A1 et A2.(a une proteine lui est associé des sous-unité qui lui sont propores)
la proteine et les sous-unités sont dans deux tables différentes

Si la protéine A existe pas, j'entre son nom (=A) dans ma base de donnée
* si la sous unité A1 existe: j'ai un message qui me dit que A1 existe déjà
* si la sous unité A1 existe pas : je l'insère dans ma base de donnée

Mon problème est que si pour une autre protéine (B) j'ai déjà entré une sous-unité A1.
et que je veux entrer les données pour la protéine A
J'obtiens le message A1 existe déjà. Or je veux regarder pour A si j'ai déjà entré A1 et non regarder dans la table sous-unité si j'ai A1.

J'espère que vous m'avez suivi
Ce que j'aimerais en fait c'est ne pas pouvoir entrer deux fois la même sous unité cela pour une même protéine.

$requete=
"SELECT proteine_id
FROM proteine
WHERE proteine_name='$proteine_name'";

$execution = mysql_query($requete) or die("erreur au niveau de la requête2");
$ligne = mysql_fnum_rows($execution);
if($ligne!=0)
{
print("la proteine existe dejà");
}
else
{
$requete2=
"INSERT INTO protein (proteine_id, proteine_name)
VALUES('','$proteine_name')";
mysql_query($requete2) ;

$protein_id= mysql_insert_id();

$requete3=
"SELECT sub_id
FROM proteine,sub
WHERE proteine.proteine_id='$proteine_id'
AND sub.sub_name='$sub_name'";

$execution3 = mysql_query($requete3) or die("erreur au niveau de la requête3");
$rows = mysql_num_rows($execution3);

if($rows!=0)
{
print("sous-unité existe déjà");
}
else
{
$requete4=
"INSERT INTO sub (sub_id, proteine_id,sub_name)
VALUES('','$proteine_id','$sub_name')";
mysql_query($requete4) ;
}