Htaccess ou autre...

Bonjour,

J'ai actuellement MON_DOMAINE.COM
sur mon serveur Linux Debian 7 j'ai paramétré 1 user et un www qui gère les sites de chaque user. Un utilisateur pour avoir plusieurs répertoires dans son "www".
La gestion des DNS est effectuée par OVH.

Actuellement lorsque je tape MON_DOMAINE.COM dans mon navigateur. Ce dernier m'affiche bien la page de connexion (c'est un CRM):

http://MON_DOMAINE.COM/login

Par contre lorsque je me connecte au crm l'URL se modifie ainsi:
http://MON_DOMAINE/~USER/crm/

J'aimerais, après connexion au crm que l'URL soit ainsi: http://MON_DOMAINE.COM

Voici le .htaccess que j'ai actuellement à la racine du crm:

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
RewriteBase /~USER/CRM/

Merci d'avance de votre aide