Décalage aprés encodage

Bonjour,
Je pense maitriser les base de l'encodage video et récemment j'ai découvert le codec x264 qui répond parfaitement à mes attentes, seulement sur certaines videos j'obtiens un décalage entre le son et l'image.
Apres quelques tests je me suis apercu que le son était parfaitement synchronisé et que c'était la video qui posait probleme.

J'utilise le logiciel MeGui qui se met à jour souvent, la video est du x264, le son du vorbis et tout ca contenu dans du mkv, les video sont des animes et rarement des films.
Plus la video est longue plus le décalage est important, je me suis donc renseigné sur ce genre de probleme :
il s'agit donc d'un décalage négative (son en avance par rapport a l'image) et constant c'est le même décalage sur tout la video. J'ai donc étudié ce temps qui est de 1.2s et je l'ai mis en délai au moment du multiplexage et résultat le son est en retard de 1.2s (ca annule le décalage et en crée un autre dans l'autre sens).
J'ai essayé un autre encodeur x264 et c'est pareil.

Le fichier source est du xvid pour la video et MPEG1 layer 3 pour le son, pas de décalage à la source.

Donc 2 petites questions pour m'orienter:
1) Est ce un probleme connu ?
2) Quels peuvent être les causes d'un décalage ?

Je pense que c'est un probleme sérieux car ca fait un moment que je cherche la solution sans retrouver ce probleme sur d'autre forum.

Merci à ceux qui peuvent se pencher la dessus.