Questions de cours

oyukta Messages postés 8 Statut Membre -  
UnGnU Messages postés 1158 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   -
Bonsoir, mon prof nous a demandé de préparer quelques question mais j'suis un peu perdu

Question 1)

Dans la commande " grep "[ACTG,]\{3,\}" Danio_rerio.vcf ", à quoi sert la virgule dans la plage de caractère [ACTG,] ?

Question 2)

On a un fichier avec plusieurs lignes, et il faut que l'on affiche seulement les 5 premiers colonnes du chromosome 16. A savoir que ce chromosome 16 est spécifié par les ligne commençant par le nombre 16.

Voilà, pour la 1) j'ai essayé avec un fichier txt que j'ai créer moi mais à chaque fois, avec ou sans la virgule, le résultat était le même.
Et pour la 2), je pense qu'il faut utiliser la fonction " grep "^16" "dans laquelle il faut mettre la fonction " cut -d " pour la sélection des colonnes, mais je n'ai pas réussi.

1 réponse

Réponse 1 / 1
UnGnU Messages postés 1158 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   158
 
Salut,

Pourrais-tu nous fournir un exemple de fichier sur lequel s'appuyer ?

Sinon... pour ta question 1, la réponse est dans le 
man grep
.
Et pour la 2, la réponse est en partie dans l'exemple cité dans ta question 1.
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oyukta Messages postés 8 Statut Membre
 
Je n’ai malheureusement pas le fichier sur moi,

J’ai déjà cherché dans le man grep, mais je n’ai rien trouver..
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UnGnU Messages postés 1158 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   158 > oyukta Messages postés 8 Statut Membre
 
Extrait man grep : 

Classes de caractère et expressions entre crochets
Une liste de caractères, encadrée par [ et ] peut être mise en correspondance avec n'importe quel caractère appartenant à la liste. Si le premier caractère de la liste est l'accent circonflexe ^ alors la mise en correspondance se fait avec n'importe quel caractère absent de la liste. Par exemple, l'expression rationnelle [0123456789] concorde avec n'importe quel chiffre.

Entre ces crochets, un intervalle de caractères peut être indiqué en donnant le premier et le dernier caractère, séparés par un tiret. Il correspond à n'importe quel caractère compris entre le premier et le dernier caractère (ceux-ci inclus), l'ordre des caractères dépendant des paramètres régionaux (locale, en anglais) en cours. Ainsi, avec la valeur par défaut (appelée « C »), [a-d] est équivalent à [abcd]. Avec beaucoup de paramètres régionaux, les caractères sont triés en suivant l'ordre des dictionnaires, et [a-d] n'est alors pas équivalent à [abcd], mais à [aBbCcDd], par exemple. Pour que ces listes aient le comportement usuel de C, vous pouvez positionner la variable d'environnement LC_ALL à la valeur C.


Sans exemple précis, difficile de t'aider à 100% ;-(
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oyukta Messages postés 8 Statut Membre
 
Merci pour votre réponse, mais je vois pas en quoi cela répond à ma question.. Je voulais savoir l’utilité de la virgule dans les crochets, mais cet extrait parle des tirés..
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UnGnU Messages postés 1158 Date d'inscription   Statut Contributeur Dernière intervention   158 > oyukta Messages postés 8 Statut Membre
 
Extrait de l'extrait du man : 

Une liste de caractères, encadrée par [ et ] peut être mise en correspondance avec n'importe quel caractère appartenant à la liste.
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