Questions de cours
Bonsoir, mon prof nous a demandé de préparer quelques question mais j'suis un peu perdu
Question 1)
Dans la commande " grep "[ACTG,]\{3,\}" Danio_rerio.vcf ", à quoi sert la virgule dans la plage de caractère [ACTG,] ?
Question 2)
On a un fichier avec plusieurs lignes, et il faut que l'on affiche seulement les 5 premiers colonnes du chromosome 16. A savoir que ce chromosome 16 est spécifié par les ligne commençant par le nombre 16.
Voilà, pour la 1) j'ai essayé avec un fichier txt que j'ai créer moi mais à chaque fois, avec ou sans la virgule, le résultat était le même.
Et pour la 2), je pense qu'il faut utiliser la fonction " grep "^16" "dans laquelle il faut mettre la fonction " cut -d " pour la sélection des colonnes, mais je n'ai pas réussi.
Question 1)
Dans la commande " grep "[ACTG,]\{3,\}" Danio_rerio.vcf ", à quoi sert la virgule dans la plage de caractère [ACTG,] ?
Question 2)
On a un fichier avec plusieurs lignes, et il faut que l'on affiche seulement les 5 premiers colonnes du chromosome 16. A savoir que ce chromosome 16 est spécifié par les ligne commençant par le nombre 16.
Voilà, pour la 1) j'ai essayé avec un fichier txt que j'ai créer moi mais à chaque fois, avec ou sans la virgule, le résultat était le même.
Et pour la 2), je pense qu'il faut utiliser la fonction " grep "^16" "dans laquelle il faut mettre la fonction " cut -d " pour la sélection des colonnes, mais je n'ai pas réussi.
1 réponse
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ContributeurSalut,
Pourrais-tu nous fournir un exemple de fichier sur lequel s'appuyer ?
Sinon... pour ta question 1, la réponse est dans leman grep
.
Et pour la 2, la réponse est en partie dans l'exemple cité dans ta question 1.
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Contributeur@oyuktaExtrait man grep :
Classes de caractère et expressions entre crochets
Une liste de caractères, encadrée par [ et ] peut être mise en correspondance avec n'importe quel caractère appartenant à la liste. Si le premier caractère de la liste est l'accent circonflexe ^ alors la mise en correspondance se fait avec n'importe quel caractère absent de la liste. Par exemple, l'expression rationnelle [0123456789] concorde avec n'importe quel chiffre.
Entre ces crochets, un intervalle de caractères peut être indiqué en donnant le premier et le dernier caractère, séparés par un tiret. Il correspond à n'importe quel caractère compris entre le premier et le dernier caractère (ceux-ci inclus), l'ordre des caractères dépendant des paramètres régionaux (locale, en anglais) en cours. Ainsi, avec la valeur par défaut (appelée « C »), [a-d] est équivalent à [abcd]. Avec beaucoup de paramètres régionaux, les caractères sont triés en suivant l'ordre des dictionnaires, et [a-d] n'est alors pas équivalent à [abcd], mais à [aBbCcDd], par exemple. Pour que ces listes aient le comportement usuel de C, vous pouvez positionner la variable d'environnement LC_ALL à la valeur C.
Sans exemple précis, difficile de t'aider à 100% ;-( -
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Contributeur@oyuktaExtrait de l'extrait du man :
Une liste de caractères, encadrée par [ et ] peut être mise en correspondance avec n'importe quel caractère appartenant à la liste.
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