Remouve H from PDBfile with python
Marwae
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Bonjour,
j'ai un fichier PDB que je dois nettoyer avec python , je suis toute nouvelle sur ce langage et n'ayant jamais fait de programmation avant je bloque sur n'importe auel petit detail , voila mon script qui me genere au lieu d'un fichier sans hydrogen un fchier vide , si quelqu'un peut m'aider PLEASE
with open('newfilepdb.pdb' , "r") as inpu:
with open("noH.pdb", "w") as output:
for line in inpu:
if 'H$*' not in line : #ligne finissant avec un H
"noH.pdb".write (line)
"newfilepdb.pdb".close()
"noH.pdb".close()
j'ai un fichier PDB que je dois nettoyer avec python , je suis toute nouvelle sur ce langage et n'ayant jamais fait de programmation avant je bloque sur n'importe auel petit detail , voila mon script qui me genere au lieu d'un fichier sans hydrogen un fchier vide , si quelqu'un peut m'aider PLEASE
with open('newfilepdb.pdb' , "r") as inpu:
with open("noH.pdb", "w") as output:
for line in inpu:
if 'H$*' not in line : #ligne finissant avec un H
"noH.pdb".write (line)
"newfilepdb.pdb".close()
"noH.pdb".close()
1 réponse
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Salut
tu dois indiquer les variables des fichiers pour les manipuler, tu n'as plus besoin de faire référence aux noms de fichiers.
Par exemple : output.write(line)
http://www.tutorialspoint.com/python/python_files_io.htm
