Problème de firewall multiples et autorisations

Bonjour,
Voilà deux ans que j'ai monté un serveur (mail, fichiers, http, ftp...) sous Debian (je tourne en Wheezy) et j'ai toujours ce problème qui me coince à chaque fois que le serveur redémarre.

> il ne conserve pas la configuration du firewall que j'ai décidé et qui consiste à autoriser l'acces aux ports 80 et 443.

A chaque fois que je redémarre, je dois entrer les commandes pour les autoriser et c'est lassant si je veux conserver l'accessibilité à mes sites web et mon serveur de fichier, surtout si je suis à distance (au boulot pas de ssh)

Pourriez-vous me dire comment résoudre définitivement ce problème svp ?
J'ai un RAID 5 dessus et si je dois tout réinitialiser je risque fort de perdre beaucoup, beaucoup de données auxquelles je tiens.

Merci à vous