Backup avec rsync à vitesse très variable (mais lent)

Bonjour!

Je dois faire une copie de 2To d'un disque dur à un autre (tous deux en NTFS), les 2 étant connectés au même pc tournant sous fedora 20 (par USB 2). Pour cela j'utilise rsync car certains fichiers sont déjà présents sur le disque cible.

Le transfert se lance normalement à une vitesse raisonnable (env. 10-11 MB/s) seulement il tombe après une minute ou 2 en dessous des 0,1 MB/s (autour de 80 kB/s) et remonte quelques secondes par-ci par-là jusqu'à 200kB/s...
Lorsque le transfert s'attaque ensuite à un nouveau fichier, la vitesse repart vers 10 MB/s quelques minutes et ralentit monstrueusement à nouveau...

J'ai déjà pas mal cherché sur les fofos mais tous les problèmes de vitesse semblaient lié à des problèmes transfert en réseau (ce qui n'est pas mon cas)

Voilà. Quelle pourrait en être la raison ou y aurait-il même un moyen de le résoudre?

Merci beaucoup!

AeroSpike