Serveur 2003 et synchronisation

Bonjours, j'ai besoin d'un coup de main pour comprendre la synchro du serveur.
j'ai donc un serveur 2003 edition small business que je voudrais faire cohabiter avec linux debian.
le serveur linux serviras au partage de fichier et les sauvegarde mais pour le moment c'est serveur 2003 qui synchronise tous les compte utilisateur au demarrage de leur session tous vas bien j'usque la ,
mais depuis la mise en place du serveur linux avec samba de mis en place dessus la synchronisation des pc ne fonctionne plus.
la question est, est-ce que linux pose problème ?
Si j'ai compris correctement si j'ai un pc A qui se connect au server2003
celui-ci se synchronise dumoins des dossiers specifique si j'ai bien compris mes doc/appl.data etc...
si je vais sur un autre pc disont pc B et que j'ouvre la meme session que celle que j'ai ouvert sur le pc A je me retrouve avec la meme session
se qui est comprehenssible puisse que nous somme dans un domaine .
Mais est-il possible que le serveur 2003 essaie de synchroniser des dossier du serveur linux quand il synchronise le pc A se qui ferais tous planté.

pouvez vous me dire si c'est possible et si oui avez vous une solution
soit pour desactiver les synchro du gestionnaire de serveur puisse que linux se chargeras des sauvegarde, soit pour créer une exeption qui eviteré que la shynchro loupe.
Ou alors je suis completement a côté de la plaque car je ne suis pas un grand specialiste dans ce cas là je compte sur vous pour m'aider a comprendre se qui se passe.