Htaccess rewriteRule unique pour tout sites

Bonjour,

Je cherche depuis un bon bout de temps comment régler ce petit problème :

J'ai un site comme ça :
Sites/
site1/
index.php
.htaccess
site2/
index.php
.htaccess

Pour l'instant, je suis obligée de modifier le contenu du fichier .htaccess à chaque fois (pour site1, site2, et les autres). Mon but est d'avoir un .htaccess unique, quelque soit le site dans lequel il est.

Options +FollowSymLinks 
RewriteEngine On 
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f 
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d 
RewriteRule ^(.*)$ /~username/site1/index.php?$1 [L] 

Étant donné que index.php et .htaccess sont au même niveau j'ai essayé

RewriteRule ^(.*)$ index.php?$1 [L] 

j'obtiens :
Not Found
The requested URL /Users/username/Sites/site1/index.php was not found on this server.

avec un

RewriteBase /

j'ai :
Not Found
The requested URL /index.php was not found on this server.

Quelqu'un peut-il m'aider ?