Mis en place de programmes sur un serveur loc

Bonjour,

Pour un projet que j'ai à acccomplir je dois mettre en place 2 logiciels (codés en C, ils existent déjà) sur un réseau local. Mais je n'ai absolument aucune idée de comment m'y prendre :/ Comment mettre en place ces 2 programmes sur un serveur?

Ils sont actuellement tout les deux utilisables simplement via la console (une version pour windows et une pour linux).

Pour information il s'agit de 2 programmes qui prédisent la structure secondaire d'une protéine (on donne en entrée des fichiers qui contiennent les séquences d'acides aminés ou bien on rentre directement ces séquences à la main). Les résultats sont soit affichés directement soit enregistrés dans un fichier (au choix).

Merci d'avance pour vos réponses!