Script bash condition if (executé en java)

Bonjour,

je travail en java. J'execute des scripts sur un serveur.
Je fais passer des argument avec un de mes script ...
Un de ces arguments est testé par une série de condition if
Mais le probleme, c'est qu'il ne rentre dans aucune ...
J'ai mis deux echo en début et fin de script donc le script
est bien executé ....
Voici ma condition (c'est assez redondant donc deux suffises) :

if [ "$1" == "BTunigene" ]
then
....
elif [ "$1" == "ncbi" ]
then

Aidez moi s'il vous plait
Merci d'avance