REINSTALLATION sur DD partitionné

Possédant un PC IBM Aptiva de 1999 qui n'était livré qu'avec un CD-Rom de réinstallation, et non un CD de Win98, je viens de partionner mon DD en trois et voudrait réinstaller le syst. d'exploitation tel qu'il est contenu dans le CD de récupération(j'ai pas le choix!). Est-ce que celà pose problème vu que mon DD est à présent partionné? Est-ce que celà ne va toucher que le la partition C où est installé Win98, mais qui est à présent reduite en taille?
Merci pour votre réponse.
Rutzy.