Confirmation en PHP

Bonjour à tous
J'upload un fichier et je regarde s'il existe dej sur le serveur
S'il existe deja je voudrai avoir une confirmation remplacer le fichier ou annule. Pour cela j'utilise le javascript confirm() mais dans tous les cas il execute les traiteements qui sont à la fois dans ma 1er condition et dans la 2 eme????
voici le code :
<script language="JavaScript">
if(confirm('Ce fichier existe déjà. Voulez-vous le remplacer ?'))
{
alert("Remplacement.")
<? $message="Remplacement";?>
}
else
{
alert("Opérationa annulée par l'utilisateur.")
<? $message="Annulation";?>
}
</script>

en fait a la fin ma variable $message dans php a tjrs comme valeur annulation.
Je pensais que lorsque le client n'executerai qu'une option et l'autre pas mais non.
QQun pourrait il m'expliquer pourquoi ça ne marche pas???
Et me donner une piste sur la façon de résoudre le pb????
Merci à tous d'avance