Désolé encore une question sur FAT32 et NTFS

Bonjour,
j'ai un ordinateur portable Asus fonctionnant sous Windows XP Edition familiale SP2.

J'ai un disque dur avec trois partitions :
C: en FAT32, contient le système et tous mes documents et logiciels de boulot.
D: en FAT32, contient les logiciels et documents moins importants, et les jeux
Recovery, en FAT32

J'ai fait une reformatation il y a peu de temps, et je ne sais pas si mes disques étaient en FAT ou en NTFS, mais j'ai l'impression d'avoir moins d'espace disque depuis ma reformatation (mes disques auraient-ils pu être en NTFS et passer en FAT32 par la reformatation ?)

Bref, jusque là ça n'est pas trop grave, ce qui m'embête le plus c'est que je suis bloqué par le FAT32 au niveau des fichiers de plus de 4Go et que j'ai impérativement besoin de travailler avec des fichiers supérieurs à cette taille. Mon système fonctionnant bien, je me dis que je vais passer en NTFS uniquement ma partition D, mais je crois me souvenir avoir lu un avertissement sur le fait d'avoir C en FAT et D en NTFS.

Que me conseillez-vous ? Dois-je passer C en NTFS aussi ? (je suis plus pour reformater en NTFS plutôt que convertir car j'ai lu que c'était préférable, mais je n'y connais rien du tout)...

Merci d'avance pour votre aide...