Récupérer les contenus des logs comme Data Frame Résolu

Question

Bonjour à tous,

J'ai des fichiers logs que je manipule sur jupyter notebook, j'ai toutes les colonnes qui contiennent un text de cette manière :
ligne 1 : a = " quelque chose" b="autre chose" c="autre chose encore " ..etc ligne 2 : a = " quelque chose" b="autre chose" c="autre chose encore " ..etc ligne 3 : a = " quelque chose" b="autre chose" c="autre chose encore " ..etc ....

Ce que je voudrais faire, c'est extraire toutes les valeurs entre guillemets et les mettre en ligne et ce pour tout le dataframe, comme ceci :

a                  b                cquelque chose    autre chose    autre chose encorequelque chose    autre chose    autre chose encorequelque chose    autre chose    autre chose encore

J'ai fait ceci (après avoir transformé le contenu de la colonne en liste) :

liste = []
for i in col_en_liste:
    string = re.compile("\"(.*?)\"").findall(i)  
    liste.append(string)
    
... donc ça parcourt la colonne et met en ligne chaque élément entre guillemets, et ça fait ça pour tout le dataFrame.

Le problème c'est que ça consomme de la mémoire cette méthode car j'ai des millions de fichiers.

Pourriez-vous s'il vous plaît me donner une méthode moins gourmande en terme de mémoire ? Peut-être avec les fonctions de pandas si ça consomme pas de la mémoire mais je vois pas comment faire.

Merci d'avance

mamiemando · Answer

Bonjour,

Je me demande si ça n'est pas juste le volume de donnée qui est trop grand. Tu peux essayer quelque chose comme ça :

import re
import pandas as pd

df_lines = None
lines = [
    'a=" quelque chose1" b="autre chose" c="autre chose encore"',
    'a=" quelque chose2" b="autre chose" c="autre chose encore"',
    'a=" quelque chose3" b="autre chose" c="autre chose encore"',
]
r = re.compile(r'(\w+)\s*=\s*"([^"]+)"')
for line in lines:
    d = {
        k : [v]
        for k, v in r.findall(line)
    }
    df_line = pd.DataFrame(data=d)
    if df_lines is None:
        df_lines = df_line
    else:
        df_lines = df_lines.append(df_line)
print(df_lines)

Le problème c'est que comme l'explique cette discussion (et contrairement à ce qu'indique la documentation de pandas.DataFrame.append), cette méthode n'est pas en place (in place) ce qui dégrade les performances et tu risques d'avoir le même problème et donc il faudra moralement autant de mémoire vive que 2x la taille du log. Son remplaçant pandas.concat semble souffrir des mêmes limitations. 

Du coup je me demande si dans ton cas passer par une pandas.Dataframe est si adapté. Peut-être qu'il est aussi simple de manipuler directement une grosse liste de dictionnaires (ainsi tu ne consommes qu'une fois la taille du log) ?

import re
from pprint import pprint

lines = [
    'a=" quelque chose1" b="autre chose" c="autre chose encore"',
    'a=" quelque chose2" b="autre chose" c="autre chose encore"',
    'a=" quelque chose3" b="autre chose" c="autre chose encore"',
]
r = re.compile(r'(\w+)\s*=\s*"([^"]+)"')
data = [
    {
        k : [v]
        for k, v in r.findall(line)
    }
    for line in lines
]
pprint(data)

Après, si tes données sont vraiment extrêmement volumineuse et ne peuvent tenir en RAM, il faudra sans doute passer par une base de données (e.g. mysql).

Bonne chance

Récupérer les contenus des logs comme Data Frame

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