erreur de code python Résolu

Question

Bonsoir;
je veux calculer le nombre de cluster sur une matrice de similarité,
j'ai utilisé ce code, mais j'ai une erreur d'execution à la ligne 74,
erreur:
TypeError: '(slice(None, None, None), 0)' is an invalid key

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
===================================
Demo of DBSCAN clustering algorithm
===================================

Finds core samples of high density and expands clusters from them.

"""
print(__doc__)

import numpy as np
import pandas as pd 
from sklearn.cluster import DBSCAN
from sklearn import metrics
#from sklearn.datasets import make_blobs
from sklearn.preprocessing import StandardScaler

X=pd.read_csv("C:/Users/click/Desktop/doctorat/rfiddd/fichier trouvé resultats/2020-07-22/lev_173.csv", sep=";")
# #############################################################################
# Generate sample data
#centers = [[1, 1], [-1, -1], [1, -1]]
#X, labels_true = make_blobs(n_samples=750, centers=centers, cluster_std=0.4,
                           # random_state=0)

#X = StandardScaler().fit_transform(X)

# #############################################################################
# Compute DBSCAN
db = DBSCAN(eps=15, min_samples=2).fit(X)
core_samples_mask = np.zeros_like(db.labels_, dtype=bool)
core_samples_mask[db.core_sample_indices_] = True
labels = db.labels_

# Number of clusters in labels, ignoring noise if present.
n_clusters_ = len(set(labels)) - (1 if -1 in labels else 0)
print(labels)
n_noise_ = list(labels).count(-1)

print('Estimated number of clusters: %d' % n_clusters_)
print('Estimated number of noise points: %d' % n_noise_)
#print("Homogeneity: %0.3f" % metrics.homogeneity_score(labels_true, labels))
#print("Completeness: %0.3f" % metrics.completeness_score(labels_true, labels))
#print("V-measure: %0.3f" % metrics.v_measure_score(labels_true, labels))
#print("Adjusted Rand Index: %0.3f"
#      % metrics.adjusted_rand_score(labels_true, labels))
#print("Adjusted Mutual Information: %0.3f"
#      % metrics.adjusted_mutual_info_score(labels_true, labels))
#print("Silhouette Coefficient: %0.3f"
#      % metrics.silhouette_score(X, labels))

# #############################################################################
# Plot result
import matplotlib.pyplot as plt

# Black removed and is used for noise instead.
unique_labels = set(labels)
#colors = [plt.cm.Spectral(each)
#          for each in np.linspace(0, 1, len(unique_labels))]

colors=['y','b','g','r']
print (colors)
for k, col in zip(unique_labels, colors):
    if k == -1:
        # Black used for noise.
#        col = [0, 0, 0, 1]
         col='k'

class_member_mask = (labels == k)

xy = X[class_member_mask & core_samples_mask]
    plt.plot(xy[:, 0], xy[:, 1], 'o', markerfacecolor=col,
             markeredgecolor='k', markersize=6)

plt.title('Estimated number of clusters: %d' % n_clusters_)
plt.show()


merci d'avance pour toute aide.

yg_be · Answer

bonjour,
as-tu comparé le contenu de X par rapport au contenu du programme non modifié?

lynajar · Answer

Bonjour;
marci yg_be pour ton aide,

le contenu de X est:
[[ 0.49426097  1.45106697]
 [-1.42808099 -0.83706377]
 [ 0.33855918  1.03875871]
 ...
 [-0.05713876 -0.90926105]
 [-1.16939407  0.03959692]
 [ 0.26322951 -0.92649949]]

et le contenu de ma base est une matrice de similarité symétrique de taille (173*173)
voici un exemple:
 1	         0.30      	0.28	  0.25	    0.36
0.30	  1	        0.39	  0.34   	0.23
0.28     0.39	    1	          0.39	    0.28
0.25	  0.34  	0.39    	1	        0.33
0.36 	0.23     	0.28      0.33   	1

comment procéder pour appliquer mes données sur cet exemple de code,

merci

lynajar · Answer

voici le lien du fichier 
 https://www.cjoint.com/c/JItkswlIksa

lynajar · Answer

normalement d’après mon fichier elle est pas commenté!!!

lynajar · Answer

oui c'est vrai dans le code que j'ai partagé la ligne 28 est commenté, 
comme le programme ne voulais pas s'executer, alors j'ai mis cette ligne en commentaire, pour voire si l'erreur vien de cette ligne

lynajar · Answer

an recherchant sur internet, j'ai fait cette modification concernant l'importation du fichier csv,
la première erreur ne s'affiche plus, mais maintenant j'ai une autre erreur à la ligne 32:
ValueError: could not convert string to float: '0.307692307692308;1;0.392857142857143;

voici le code avec modification à partir de la ligne 21  jusqu'a la ligne 23

import numpy as np
import pandas as pd 
from sklearn.cluster import DBSCAN
from sklearn import metrics
from sklearn.datasets import make_blobs
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from pandas import read_csv

#rcParams['figure.figsize'] = 70, 40
csv_url = 'C:/Users/click/Desktop/doctorat/rfiddd/fichier trouvé resultats/2020-07-22/bisim_173.csv'
df = pd.read_csv(csv_url)
df.iloc[:, 0:172].values 
#X=pd.read_csv("C:/Users/click/Desktop/doctorat/rfiddd/fichier trouvé resultats/2020-07-22/bisim_173.csv", sep=";")
# #############################################################################
# Generate sample data
#centers = [[1, 1], [-1, -1], [1, -1]]
#X, labels_true = make_blobs(n_samples=750, centers=centers, cluster_std=0.4,
                           # random_state=0)

df = StandardScaler().fit_transform(df)

# #############################################################################
# Compute DBSCAN
db = DBSCAN(eps=50, min_samples=3).fit(df)
core_samples_mask = np.zeros_like(db.labels_, dtype=bool)
core_samples_mask[db.core_sample_indices_] = True
labels = db.labels_

# Number of clusters in labels, ignoring noise if present.
n_clusters_ = len(set(labels)) - (1 if -1 in labels else 0)
print(labels)
n_noise_ = list(labels).count(-1)

print('Estimated number of clusters: %d' % n_clusters_)
print('Estimated number of noise points: %d' % n_noise_)
#print("Homogeneity: %0.3f" % metrics.homogeneity_score(labels_true, labels))
#print("Completeness: %0.3f" % metrics.completeness_score(labels_true, labels))
#print("V-measure: %0.3f" % metrics.v_measure_score(labels_true, labels))
#print("Adjusted Rand Index: %0.3f"
#      % metrics.adjusted_rand_score(labels_true, labels))
#print("Adjusted Mutual Information: %0.3f"
#      % metrics.adjusted_mutual_info_score(labels_true, labels))
#print("Silhouette Coefficient: %0.3f"
#      % metrics.silhouette_score(X, labels))

# #############################################################################
# Plot result
import matplotlib.pyplot as plt

# Black removed and is used for noise instead.
unique_labels = set(labels)
#colors = [plt.cm.Spectral(each)
#          for each in np.linspace(0, 1, len(unique_labels))]

colors=['y','b','g','r']
print (colors)
for k, col in zip(unique_labels, colors):
    if k == -1:
        # Black used for noise.
#        col = [0, 0, 0, 1]
         col='k'

class_member_mask = (labels == k)

xy = df[class_member_mask & core_samples_mask]
    plt.plot(xy[:, 0], xy[:, 1], 'o', markerfacecolor=col,
             markeredgecolor='k', markersize=6)

plt.title('Estimated number of clusters: %d' % n_clusters_)
plt.show()

lynajar · Answer

iloc est utilisée pour l'indexation basée sur des emplacements entiers, elle permet de sélectionner les colonnes, en utilisant une notation de découpage.

mon but c'est l'utilisation de la méthode dbscan pour regrouper mon fichier csv en classes,
pour cela j'ai essayer plusieurs solutions mais ça na pas marché, 

désolé pour les fautes de programmation, parce que je débute avec le langage python

lynajar · Answer

j'ai fait un marche arrière comme tu me la demandé "yg_be" et ça marche,et j'ai supprimer le commentaire de la ligne 28.
merci beaucoup pour ton aide

Erreur de code python

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