Script à faire
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lypso15
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[Dal] Messages postés 6122 Date d'inscription Statut Contributeur Dernière intervention -
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Bonjour, j'ai un script à écrire, consistant à déterminer à quel groupe appartient la séquence donnée, en fonction de motifs qu'elle contient
pour déterminer les groupes, j'ai deux motifs pour chacun
groupe 1 :
AMRRVVTLSYNHLPSHLKPCFLYLSIFPEDFEIQRKRLVDRWIAEGFVRA
YDIEDCLDEFMVHVKSQSLSRQLMKLKDRHRIAIQIRBLKSRVEEVSNRN
groupe 2 :
DHQVKDWMKQVRDVAYDIEDCIDDFAHRL
VKSLVGKLGSLLAQEYTLIRGVRGDIQYJNDELASMQAFLR
groupe 3 :
SYNNLPHHLKTCLLYLGMYPEDYIIWKDDLVKQWIAEGFISAVEGLDAEE
EQKLKVVSIVGFGGLGKTTLAKZVYRKJ
Pour l'instant j'essaie de faire qu'avec le premier groupe ceux qui donne ceux ci :
Sauf le probléme c'est qu'en testant n'importe qu'elle séquence, il me retourne qu'elle appartient toute au groupe 1, alors que certaines n'en font pas partis, où serai mon erreur ?
pour déterminer les groupes, j'ai deux motifs pour chacun
groupe 1 :
AMRRVVTLSYNHLPSHLKPCFLYLSIFPEDFEIQRKRLVDRWIAEGFVRA
YDIEDCLDEFMVHVKSQSLSRQLMKLKDRHRIAIQIRBLKSRVEEVSNRN
groupe 2 :
DHQVKDWMKQVRDVAYDIEDCIDDFAHRL
VKSLVGKLGSLLAQEYTLIRGVRGDIQYJNDELASMQAFLR
groupe 3 :
SYNNLPHHLKTCLLYLGMYPEDYIIWKDDLVKQWIAEGFISAVEGLDAEE
EQKLKVVSIVGFGGLGKTTLAKZVYRKJ
Pour l'instant j'essaie de faire qu'avec le premier groupe ceux qui donne ceux ci :
#!/usr/bin/perl
use strict;
my $seq;
my $nb=0;
open (FILE,"$ARGV[0]")||die"cannot open$_";
while(<FILE>)
{
if(/^[^>]/)
{
chomp;
$seq.=$_;
#print "$seq";
}
}
print "$seq\n";
if ($seq==~ m/AMRRVVTLSYNHLPSHLKPCFLYLSIFPEDFEIQRKRLVDRWIAEGFVRA/ || m/YDIEDCLDEFMVHVKSQSLSRQLMKLKDRHRIAIQIRBLKSRVEEVSNRN/)
{
$nb ++;
print "la séquences appartient au groupe $nb\n";
}
else
{
print "la sequence n'appartient pas au groupe 1\n";
}
Sauf le probléme c'est qu'en testant n'importe qu'elle séquence, il me retourne qu'elle appartient toute au groupe 1, alors que certaines n'en font pas partis, où serai mon erreur ?
2 réponses
-
Bonjour,
Cela fait longtemps que je n'ai pas fait de PERL ...
mais quand on fait un IF avec plusieurs conditions... il faut mettre les conditions "en entier" !if ($seq==~ m/AMRRVVTLSYNHLPSHLKPCFLYLSIFPEDFEIQRKRLVDRWIAEGFVRA/ || $seq==~ m/YDIEDCLDEFMVHVKSQSLSRQLMKLKDRHRIAIQIRBLKSRVEEVSNRN/)
-
Je ne comprends pas très bien ce que tu testes et comment du veux tester.
Un exemple de ce qui peut se trouver dans $seq et qui remplit ta condition permettrait d'y voir plus clair.
Si la condition est remplie si $seq comprend "AMRRVVTLSYNHLPSHLKPCFLYLSIFPEDFEIQRKRLVDRWIAEGFVRA" ou "YDIEDCLDEFMVHVKSQSLSRQLMKLKDRHRIAIQIRBLKSRVEEVSNRN", tu dois indiquer la deuxième partie de la condition comme le dit Jordane.
Cependant, je pense que tu veux plutôt faireif ($seq=~
et nonif ($seq==~
.
Tu devrais mettreuse warnings;
aprèsuse strict;
, qui t'aurait avertit d'un code anormal.
Dal-
Hello Dal,
Et pour la comparaison.... je ne sais pas comment se comporte une 'séquence' .
Mais ne serait-ce pas comme du "text" ? et dans ce cas utiliser le equal (ou not equal ) => "eq" au lieu du "==" ?
(== qui sert à comparer des nombres si ma mémoire est bonne ) -
oui en Perl,
==
est l'opérateur d'égalité numérique, pour comparer l'égalité de chaînes, c'est bieneq
... tout est là :
https://perldoc.perl.org/perlop#Equality-Operators
:-)
mais dans le code posté c'est une regexp qui est appliquée à une variable, afin de vérifier si elle matche, cela serait donc l'opérateur=~
qui est un "binding operator" qui lie l'expression scalaire contenue dans la variable à la regexp qu'elle est supposée matcher :
https://perldoc.perl.org/perlop#Binding-Operators -
Une séquence c'est juste une succession de plusieurs centaines de lettres, sans aucun espace.
Par contre je recherches pas une séquences totalement identique au motif, mais dans une séquence beaucoup plus grande je cherches a voir si le motif est présent ou non, du coup eq ne sera pas approprier si ? -
voici un exemple de se que contient $seq :
>LPERR06G01240.1 pep chromosome:Lperr_V1.4:6:801466:804082:-1 gene:LPERR06G01240 transcript:LPERR06G01240.1 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding
MEENTTFDETDSMEDVRNYSPSNIDEAELVGFDTPKRELLDKMNIDGNDGHCKVLCVVGM
GGLGKTTLARKIFESKEDIGKNFPCRAWITVSQSFSKLEMLKDMISQLLGTESLKKCLKE
LEGKAMRVHDLAAYLRDRLKEENFALPSTNNRGSRVIVTTRVDGVANACTSKPFVYHLKL
LEKGPAIDLLLRKIGKNREDMENDDKLKNIATQLVKKCGCLPLAILTIGAMFANKRPSKW
EEMCIQLPSELESNPSSETEAIMRVVTLSYSHLPSHLKPCFLYLSIFPEDFEIKRRHLVD
RWIAEGQVRARVGMTISDVGESYFDELISRSMIQPSIVNMEGRVKSCRVHDIMRDIIVSI
SKEENFVYSTGDNVPTIVLEKFRHVSYHGGNCPIVGMDFSHVRSLTVFGEFGQRPMLFGS
SICSPQFTMLRALDLENAEFPVTQKDINNIGLLRHLRYLYMNNRRRSYIYTLPRSIGKLQ
NLQVLDIRRNHISTLPTDISKLLMLRVLHCTNVMVYSYFHPHKPIRNLALMCCMPLIWTP
LVRSTERNEFIAELHKAYSSHWSRTTGVRVLEVVDIKLTKTKAIEELGELHRLKKLSVTT
KGAQDNKCKILCDAIEKLSSLRSLDFDGTGTGDHGTGTFEWLGPSNFSPSPLLRKLTLIG
CIRVLPDCFRDLKHLRKIILGFSQLDDRAIKILGTLPNLVLLALNGDAFAGKKLAFKERE
FPNLRELRILGMLQLSGIRFEKNTLPHMEIIEIRYCELKSGIVGIKHLEQLKEITLQCLV
AGFNLLEEEVKAHPKEPRLWQLTEEIDIEMGSPVVLTEDEGSEDDRGSNRIGESSQVISS
L
les deux premières lignes sont supprimées grâce au while, elles ne sont pas utile pour la recherche de motif -
sauf erreur, dans cet exemple $seq n'est pas du tout identique et ne comprend pas non plus l'un quelconque des motifs
comme indiqué, l'opérateureq
permet de vérifier que deux chaînes sont (exactement) identiques
par exemple :
my $st = "toto"; if ($st eq "toto") { print "C'est bien toto\n"; }
si tu cherches si une chaîne est contenue dans une autre, tu peux utiliser une regexp, comme tu sembles vouloir le faire, par exemple :
my $st = "tititototutu"; if ($st =~ m/toto/) { print "Il y a bien toto dedans\n"; }
-
