Dossier invisible mais bien présent !

Bonjour,

Une amie m'a passé sa clé USB car elle ne vois plus de dossier, seulement les fichiers. Il lui manque donc une grosse partie de ses données.
Lorsque j'ai branché la clé USB pour la première fois c'était sur un Linux (Ubuntu) et les dossiers étaient bien présent. Je test ensuite sur un windows 10 et là, les dossiers sont invisibles (je tiens a préciser qu'ils ne sont pas en fichiers cachés). J'ai pu récupérer ses dossiers via le Linux en les copiant sur un DD externe mais j'aimerai savoir si il y a possibilité de réparer ça sans formater la clé ?
C'est bien trop simple et j'aimerais savoir d'où vient le problème !
En soit il est résolu mais je n'ai rien trouvé sur internet qui pourrait répondre a ce problème.

Je suis étudiant en informatique et certains de mes camarades m'ont parlé du partitioning. Je suis allé voir dans le gestionnaire de disque et il n'y a qu'une seule partition.