Mon script donne des faux résultats

<?php
// path du dossier CDR 0 remplacer par le chemin correspondant lors de la mise du script sur le serveur
$dir = "C:\Users\Master\Desktop\quotidien\CDRs";
 
// Ouvre un dossier bien connu, et liste tous les fichiers
if (is_dir($dir)) {
    if ($dh = opendir($dir)) {
        while (($file = readdir($dh)) !== false) {
        $chaine= $file[8]."".$file[9]."".$file[10]."".$file[11]."".$file[12]."".$file[13]."".$file[14]."".$file[15]."".$file[16]."".$file[17]."".$file[18]."".$file[19]."".$file[20]."".$file[21] ;
            //echo $chaine."".'</br>' ;
   
   $compteur= $chaine ;
// path a remplacer lors de la mise du script sur le serveur
$filename = "C:\Users\Master\Desktop\quotidien\CDRs\Pacetel_".$compteur.".cdr";
//traitement en enregistrement des alertes dans un fichier
$ligne= file($filename); //lit le fichier entier et le place dans un tableau
  
$nbTotalLignes=count($ligne);
  
for($i=1;$i<$nbTotalLignes;$i++){
    // On place chaque élément séparé par un dans un tableau
    $ligneTab = explode(";",$ligne[$i]);
      
      
    $seuil=10;
    if ($ligneTab[8] >= $seuil){
        //echo "alerte".'</br>'."$ligne[$i]"."".'</br>'."".$filename."".'</br>' ;
         
        $fichier_cible = "C:\Users\Master\Desktop\quotidien\CDRtest\seuil.txt";
        $current = file_get_contents($fichier_cible);
        $current .= $ligne[$i] ;
        if(!file_put_contents($fichier_cible,$current)){
            echo "la copie du $ligne[$i] a échoué ..\n " ;
        }
$file = fopen($fichier_cible,'r+');
    $alerte_enregistre = array();
//ouverture du nouveau fichier
    $file = fopen($filename,'r+');
    while($line = fgets($file)){
  //préparation du traitement des données
        $data = explode(';',$line);
   //si le neuviéme champ et supérieur à 10 et que l'alerte n'as pas encore été enregistrée
        if($data[8] > 100 && !in_array($line,$alerte_enregistre))
   {
            echo $line;
        }
  
  
  
    }
      
 
    

   
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
 }
        //closedir($dh);
    }

}
}
}
?>

<?php
// path du dossier CDR 0 remplacer par le chemin correspondant lors de la mise du script sur le serveur
$dir = "C:\Users\Master\Desktop\quotidien\CDRs";
 
// Ouvre un dossier bien connu, et liste tous les fichiers
if (is_dir($dir)) {
    if ($dh = opendir($dir)) {
        while (($file = readdir($dh)) !== false) {
			
			if( $file == '.' || $file == '..' )
				
				continue;
				
        $chaine=  substr($file, 8, -4);
		
			$compteur= $chaine ;
			
// path a remplacer lors de la mise du script sur le serveur
//fichier en entrée 
$inputFilePath = "C:\Users\Master\Desktop\quotidien\CDRs\Pacetel_".$compteur.".cdr";
 
$outputFilePath = "C:\Users\Master\Desktop\quotidien\CDRtest\seuil.txt"; //fichier en sortie
$limitToCheck = 10; //seuil
$pricePositionInCSV = 8; //position du prix dans le csv

//Ouverture des fichiers d'entrée et de sortie
$inputFileResource = fopen($inputFilePath,'r');
$outputFileResource = fopen($outputFilePath,'r+');

//On vérifie si l'ouverture des fichiers a réussie
if ($inputFileResource && $outputFileResource){
  
  //On parcours chaque ligne du fichier d'entrée
  while (!feof($inputFileResource)){ 
     $lineInput = chop(fgets($inputFileResource)); //On extrait la ligne courante
     $ar = explode(";",$lineInput);
     $valueToTest = $ar[$pricePositionInCSV];
    
     //On verifie si la valeur dépasse le seuil max
     if (floatval($valueToTest) >= $limitToCheck){
       //La valeur dépasse la limite, on vérifie si elle a déja été ajoutée au fichier de sortie
       $found = false;
       rewind($outputFileResource); //On renvoi le curseur au debut du fichier
       while (!feof($outputFileResource)){ 
         $lineOutput = chop(fgets($outputFileResource)); //On extrait la ligne courante
         if ($lineOutput == $lineInput){ //On compare la ligne en entrée avec la ligne du fichier de sortie
           $found = true;
         }
       }
       
       if ($found){
         //On a trouvé une correspondance dans le fichier de sortie, on ne fait rien
       } else {
         //On a pas trouvé de correspondance dans le fichier, on ajoute la ligne
         //On place le curseur à la fin du fichier
         fseek($outputFileResource, 0, SEEK_END);
         //On écrit la ligne
         fwrite($outputFileResource, $lineInput."\r\n");
       }
     } else {
       //La valeur ne dépasse pas la limite, on ne fait rien
     }
  }  

  //On ferme les flux
  fclose($inputFileResource);
  fclose($outputFileResource);
}

		}
		
	}
	closedir($dh);
}		
?>