JS et IE 8/9.Ordre de chargement ?

Bonjour !

J'ai quelques soucies lors de la mise en prod d'une application web que j'ai développé pour mon entreprise.
Lorsque j'étais sur ma machine en localhost j'avais une tableau avec une mise en page faite en JS. Ca fonctionne très bien après des test sous Mozzila, IE 8(en mode de compatibilité de IE9), IE9.
L'application est fini, je la met en prod sur le serveur. Il dispose de IE 8 dont j'ai désactivé la version de sécurité avancé (donc à priori pas de blocage de ce côté).
Lorsque je vois le site se charger, il y a déjà des différence au niveau du CSS avec bootstrap. Des boutons vert reprennent la couleur bleu de bootstrap par défaut. Ensuite lors de l'affichage de mes tableaux ils disparaissent... les données sont bien sur la page. Le tableau prend aussi de la place. Mais rien n'est visible.
Lorsque je test sur ma machine qui à fait le développement du projet : même résultat, les tableaux sont masqué, les boutons bleu plutôt que vert.
Lorsque je test avec Mozilla sur la serveur : les boutons sont à moitié vert (ils agissent ainsi aussi sur Mozilla sur le site en local). Mais les tableaux sont correctement affiché avec leur mise en page.

Quand je vais dans les options de débug de IE : je trouve les fichiers CSS, JS et PHP correctement chargé.

Je ne sais plus de quel côté regarder pour essayer de corriger ce problème.

Avez vous des idées pour m'aider à résoudre ce soucie de compatibilité ? Comment se fait il que IE avec un site identique réagissent si différemment ?