Batman: Arkham Origins se bloque.

He encontrado los mismos problemas que tú. No tengo ninguna solución que aportar, pero vengo a compartir mi experiencia.
También descargué el juego en Steam (regalado con mi GTX660) ¡menuda "regalo"!!! Llevo aproximadamente un 25% del juego y ya no cuento las averías de congelaciones y otros errores de colisiones que me obligan a reiniciar el juego.
Muchos jugadores están teniendo los mismos problemas en las consolas.
El problema viene claramente del juego en sí y seguro que no de las temperaturas de la CPU (si fuera así, Windows se apagaría).

Solo resta esperar LA actualización. ¡Pfffffffffff !!!!!

El mensaje que acabo de escribir no aparece !!! Parece que el sitio "cómo funciona" no publica mensajes que contengan ciertas palabras clave.

Para responder a tu pregunta, el juego corre en ultra con la GTX660.
Para tu información, uso como tú un mando Xbox 360.

Si el problema es el mismo con otros juegos, se trata o de un problema material, o de un problema de software.

En tu caso, parecería más bien un problema de software.
Un problema material se caracteriza por síntomas físicos diferentes a los tuyos. Además de que parece que dispones de una configuración suficiente para hacer funcionar los juegos más exigentes.
En cuanto a la temperatura, según la ficha técnica del producto, tu procesador puede alcanzar 72,72°C sin problema, así que no te preocupes por ese lado.

Para el programa que se niega a detenerse al cerrar Windows, puedes probar el siguiente truco que permite forzar más rápidamente el cierre de los programas recalcitrantes:
http://www.pcastuces.com/pratique/astuces/2957.htm
Pero no creo que haya un vínculo directo con el fallo de las aplicaciones como los juegos.

¿Usas una versión no oficial de Windows?
Las versiones no oficiales de Windows pueden generar errores con los controladores de la tarjeta de sonido, de la tarjeta gráfica, etc... así como con otros programas.

Te pregunto eso porque ya lo experimenté con los controladores de mi tarjeta gráfica (problema de visualización) así como con los de mi tarjeta de red (desconexiones intempestivas).

Con la esperanza de haberte podido ayudar o al menos aclararte.

Entonces es la tarjeta gráfica la que tiene un problema.
Intenta hacer funcionar la garantía.

CPUID HMMonitor para comprobar tus temperaturas.
Tu configuración debería permitir que el juego funcione por encima de 60 fps (juego fluido).
Un verdadero misterio, pero probablemente se deba a la temperatura.

Gracias por tu respuesta, descargué ayer Game Booster para cerrar todos los programas que se ejecutaban en segundo plano y parecía funcionar. Lo volveré a probar esta noche; en cuanto a las temperaturas no tuve tiempo, pero vi que en idle la CPU giraba entre 40° y 50°. al final creo que me equivoqué: el ventilador/ventilador de disipación proporcionado por Intel no es suficiente.

Bueno, con Game Booster hoy funcionó más tiempo de lo habitual, pero tuve caídas de FPS sin que fuera injugable. No entiendo de dónde podría venir el problema.
Para las temperaturas, llego a 60°C como máximo y 40 en idle; el problema parece no venir de ahí.
Gracias de antemano por vuestra ayuda.
Edit: Aún me sale el mensaje que dice que el proceso de lectura de sonido está funcionando en segundo plano y que Windows no puede reiniciarlo.

No, I use an official version of Windows, I even tried on Windows 8 but I have the same problem. Now as soon as I launch a game or run a test on 3DMark the PC crashes with a colored screen. I tried these tests with my old 8800 GT and the PC does not crash.

Thanks for your help it really helps me ;)

alimentación de 400W para una GTX 660? ¿Le prestan una fuente de alimentación de 500 o 650W y vuelven a probar?