Synchronisation iphone vers itunes

Bonjour,
J'ai dû formater mon PC dernièrement.
Donc réinstallation d'Itunes, Sauvegarde de l'iphone et transfert des achats.
Donc mes applications sont bien présentent dans itunes.
Mon problème est que si je veux synchroniser mes applications de l'iphone vers itunes, cela va complétement tout désorganiser mon iphone et même en effacer plusieurs car il ne les classent pas dans des "répertoires".
Et donc des heures de récupération, classement des applications (ex: jeux, navigation, utilitaires, etc)

Je n'ai rien trouvé sur le net. j'ai déjà dû le faire et cela après un formatage et franchement, c'est chiant

Une idée?
D'avance merci.





/iphone 3gs