DD externe 300 Go FAT32 OU NTFS

Bonjour,
j'ai branché un DD externe 300Go à mon ordinateur pour faire des sauvegarde de fichiers importants.
je suis enWIN XP pro

à la mise en route il m'a été demander de formater ce disque.
je n'avais pas de choix,
il a été formaté en NTFS mais le dique interne (200Go) est lui en FAT32.
y a t il des risques d'incompatibilités , ou des problèmes de sauvegarde dans ce cas.