Mkv en avi (ou autre) ??

Bonjour,
j'ai des films au formats .mkv
pour les réencoder, j'utilise 2 logiciels :

-mkvmerge GUI : pour les couper en plusieurs partie et pourvoir les mettre sur un disque dur en FAT32.
-mkv2vob : pour les réencoder afin de les lire sur ma PS3 ou autre.

Mon problème est que je voudrais ré encoder un film sans le partionner et le graver sur un DVD double couche. pour cela, lorsque je ré encode le film sans le couper avec le logiciel mkv2vob, j'obtient un fichier plus petit que l'original, en taille et en temps!!!
le film qui fait plus de 2h en mkv ne fait plus que 45min une fois réencoder. il est coupé en plein milieu alors que je ne le souhaite pas surtout qu'il n'y a pas de 2ème partie. en gros il me ré encode les 45 premières minutes et s'arrête la.

J'ai beau réessayer rien n'y fait.

alors est-ce que quelqu'un connait ce logiciel et pourrait me venir en aide??