Filezilla fiable ?

Bonjour,
mon site est hébergé gratuitement par Free ; j'utilise le CMS Joomla pour gérer ce site ; régulièrement, je sauvegarde avec Filezilla sur mon ordi toutes les données présentes sur le serveur au cas où.
Comment se fait-il qu'à chaque fois je n'ai pas le même nombre de fichiers qui sont téléchargés, même une heure après, le nombre de fichiers diffère. (Par exemple à la fin du téléchargement il indique : 6028 fichiers téléchargés, une heure après je recommence l'opération et il m'indique 5958 etc...).
certains fichiers serait-il oubliés ?
c'est problématique pour une sauvegarde !
et puis malgré les paramètrages, les déconnexions toutes les 30 secondes me gonflent particulièrement (en période d'inactivité).