PHP: lancer programme DOS avec arguments

Bonjour,je m'explique:

De mon script PHP je lance un programme sous dos. J'ai essayer les deux fonctions exec() et system() et cela fonctionne très bien.
exec( "Mon_programme");

Le problème est que mon programme sous dos affiche cela dans la fenetre dos:

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Fitch-Margoliash method with contemporary tips, version 3.67////
////
Settings for this run: ////
D Method (F-M, Minimum Evolution)? Fitch-Margoliash ////
U Search for best tree? Yes ////
P Power? 2.00000 ////
- Negative branch lengths allowed? No ////
L Lower-triangular data matrix? No ////
R Upper-triangular data matrix? No ////
S Subreplicates? No ////
J Randomize input order of species? No. Use input order////
M Analyze multiple data sets? No ////
0 Terminal type (IBM PC, ANSI, none)? IBM PC ////
1 Print out the data at start of run No ////
2 Print indications of progress of run Yes ////
3 Print out tree Yes ////
4 Write out trees onto tree file? Yes ////
////
Y to accept these or type the letter for one to change ////
/////////////////////////////////////////////////////////////////////

Il me faut taper "Y" puis "Entrez" manuellement pour finir son execution! Je voudrais qu'il le fasse automatiquement !
Donc j'ai essayer de rajouter des arguments dans la commande exec() ou system comme suit mais sans succès:
system('Mon_programme; Y;' );
system("Mon_Programme; Y;" );
system("Mon_Programme
Y;" );

Si quelqu'un connait la syntaxe approprié ou une autre manière de procéder je vous en remercie de m'en faire part.

P.S: j'ai essayer lancer de PHP un programme .bat qui lance donc mon Mon_Programme mais c'est la meme chose j'ai pas la syntaxe pour lui envoyé les argument "y" et "entrez" pour finir l'execution du programme Mon_programme sous dos.

Merci pour les réponses qui peuvent être apporté !!