Aide dans un projet Java

Merci pour le lien. Je tiens compte des différents conseils dans ce message. Merci encore une fois. Je tiens à préciser que vous trouverez ici bas le code que j'ai moi-même déjà commencé à compléter mais j'ai deux gros soucis : 1) comment ajouter la fonctionnalité : fusionner deux cartes de navigation ? Et 2) comment améliorer certaines fonctionnalités en les rendant le code plus efficace ? J'ai cherché sur internet et sur YouTube mais souvent je tourne en rond.
Voici le code :

Ça c'est pour la première classe qui hérite d'une autre classe dont j'ajoute le code en bas de celui-ci :

package fr.icam.bb8;

import java.io.InputStream;
import java.util.Scanner;

public class UnitR {

 long[] systems;
 String[] namings;
 long[][] navmaps;

 void init(){
  systems = new long[359];
  namings = new String[359];
  navmaps = new long[359][359];
 }
 
 int read(String name, int index) throws Exception {
  InputStream input = UnitR.class.getResourceAsStream("/" + (name == null ? "" : name + "-") + "systems.csv");
  Scanner scanner = new Scanner(input);
  int i = index;
  while (scanner.hasNextLine()) {
   String line = scanner.nextLine();
   String[] items = line.split(",");
   systems[i] = Long.valueOf(items[0]).longValue();
   namings[i] = items[1];
   i++;
  }
  scanner.close();
  input.close();
  return i;
 }
 
 int index(long id) {
  for (int i = 0; i < systems.length; i++) {
   if (systems[i] == id) {
    return i;
   }
  }
  return -1;
 }
 
 void load(String name) throws Exception {
  InputStream input = UnitR.class.getResourceAsStream("/" + (name == null ? "" : name + "-") + "navmaps.csv");
  Scanner scanner = new Scanner(input);
  while (scanner.hasNextLine()) {
   String line = scanner.nextLine();
   String[] items = line.split(",");
   long source = Long.valueOf(items[0]).longValue();
   long target = Long.valueOf(items[1]).longValue();
   long effort = Long.valueOf(items[2]).longValue();
   int i = index(source);
   int j = index(target);
   if (i == -1 || j == -1) {
    System.err.println("skiping " + source + " -> " + target + " (" + effort + ")");
   } else {
    navmaps[i][j] = effort;
    navmaps[j][i] = effort;
   }
  }
  scanner.close();
  input.close();
 }
 
 void setup(String name) throws Exception {
  init();
  read(name, 0);
  load(name);  
 }

 int index(String name) {
  for (int i = 0; i < namings.length; i++) {
   String source = namings[i];
   if (source == null) {
    continue;
   } else if (source.equalsIgnoreCase(name)) {
    return i;
   }
  }
  return -1;
 }

 int ask(Scanner scanner, String text) {
  int s = -1;
  do {
   System.out.print(text);
   String source = scanner.nextLine();
   s = index(source);
   if (s == -1) {
    System.out.println("sorry, i don't know " + source + ".");
   }
  } while (s == -1);
  return s;
 }

 void route(Scanner scanner) {
  int s = ask(scanner, "from? ");
  int t = ask(scanner, "to? ");
  String src = namings[s];
  String tgt = namings[t];
  long duration = navmaps[s][t];
  if (duration == 0) {
   System.out.println("there is no direct route from " + src + " to " + tgt + ".");
  } else {
   System.out.println("the direct route from " + src + " to " + tgt + " takes " + duration + "ms.");
  }
 }

 void list(Scanner scanner) {
  System.out.print("filtering on: ");
  String filter = scanner.nextLine();
  for (int i = 0; i < namings.length; i++) {
   if (namings[i] == null) {
    continue;
   } else {
    long id = systems[i];
    String pattern = namings[i].toLowerCase();
    String prefix = filter.toLowerCase();
    if (pattern.startsWith(prefix)) {
     System.out.println("  - " + namings[i] + " (" + id + ")");
     
    }    
   }
  }
 }
 
 void loop(String name) {
  System.out.println("hello! my name is " + name + " and i'm ready.");
  Scanner scanner = new Scanner(System.in);
  boolean exit = false;
  while (exit == false) {
   System.out.print("what are you asking for? ");
   String line  = scanner.nextLine();
   if (line.equalsIgnoreCase("exit")) {
    exit = true;
   } else if (line.equalsIgnoreCase("list")) {
    list(scanner);
   } else if (line.equalsIgnoreCase("route")) {
    route(scanner);
   } else {
    System.out.println("sorry, i don't understand your request.");
   }
  }
  System.out.println("bye!");
  scanner.close();
 }
 
 void process(String name) throws Exception {
  setup(name);
  loop(name);
 }
 
 public static void main(String[] arguments) throws Exception {
  UnitR unit = new UnitR();
  unit.process("bb8");
 }
 
}

N.B : J'ai crée des fichiers cvs dans lequel se trouve les coordonnées et le nom des villes du problème.

La deuxième classe :

package fr.icam.bb8;

public class UnitBB extends UnitR {
	
	void setup(String... names) throws Exception {
		/* TODO */ 
	}
	
	void process(String name, String... names) throws Exception {
		setup(names);
		loop(name);
	}

	public static void main(String[] arguments) throws Exception {
		UnitBB unit = new UnitBB();
		unit.process("BB-8", "r2d2", "bb8");
	}
	
}

Pour les fichiers cvs notés que tout au long du code je lis et fais des recherches sur ses données. Elles contiennent les villes et les distances entre les villes. Je continue à travailler sur la présentation du code pour qu'il soit plus lisible ce qui m'embête vraiment c'est trouvé un moyen optimal pour fusionner les deux cartes.

Merci pour ta réponse

S'il te plaît, tu veux dire quoi par faire du Java propre ?
Merci de bien m'indiquer une source pour ample compréhension.