Comment intégrer un code bash dans pyhton

Question

Salut tout le monde, je cherche exécuter une commande bash par l'intermédiaire de python car je n'ai pas la possibilité d'installer le module OTB qui n'est pas compatible avec mon PC.
J'ai besoin de calculer des indices multispectraux par cette commande bash puis ensuite les intégrer à une matrice déjà existante. Mais pour le moment je  n'arrive pas a faire fonctionner ma commande ...

Mon code est le suivant : 

import os
import fnmatch

src_directory = "/run/media/afavro/Elements/Acquisitions_Copernicus2/1/S2/4_reflectance/"
dossier = os.listdir (src_directory)
print(dossier)

for fichier in dossier:
        print (fichier)
        ssrc_directory = "/run/media/afavro/Elements/Acquisitions_Copernicus2/1/S2/4_reflectance/" + fichier + "/"
        rasters = os.listdir (ssrc_directory) 
        print(rasters) 
    
    for img in rasters:
        print (img)

INPUT_FOLDER = ssrc_directory
        print(INPUT_FOLDER)
            
        OUTPUT_FOLDER = "/run/media/afavro/Elements/Acquisitions_Copernicus2/1/S2/5_indices/" + fichier + "/"
        print(OUTPUT_FOLDER)
                   
        def findRasters (path, filter):
            for root, dirs, files in os.walk(path):
                for file in fnmatch.filter(files, filter):
                    yield file

for raster in findRasters(INPUT_FOLDER, '*.hdr'):
            print(raster)
            inRaster = ssrc_directory + raster
            print(inRaster)
            outRaster = OUTPUT_FOLDER + 'indices2_' + img
            print (outRaster)
            cmd = 'otbcli_RadiometricIndices -in inRaster -list Soil:BI Vegetation:MSAVI Vegetation:SAVI -out outRaster'         
            os.system(cmd)


En message d'erreur il m'est dit que l'image inRaster ne peut pas être ouverte mais je ne comprend pas pourquoi; Auriez-vous une idée ?

mamiemando · Answer

Bonjour,

Question préalable

Quand tu dis que le module OTB n'est pas compatible avec ton PC, peux-tu clarifier (message d'erreur, etc) ?

Sous Linux Ubuntu par exemple, ce module peut s'installer avec la commande sudo apt install python3-otb.

En effet, passer par le module python sera plus propre que passer par une commande shell.

Appeler une commande shell en python

Personnellement, j'utilise plutôt Popen, cela permet en outre de récupérer les flux (sortie standard et sortie d'erreur) :

Voici un exemple fonctionnel pour appeler graphviz, dans ton cas il suffirait d'adapter la valeur de la variable cmd, de renommer la fonction et de retravailler ses paramètres, le message d'erreur, et enfin de renommer la variable dot en par exemple otb :

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-

from subprocess import Popen, PIPE

def run_graphviz(s_dot, layout_engine = "dot", format = "svg") -> bytes:
    """
    Convert a dot string (graphviz format) into a graphic file.
    Args:
        s_dot: A string in the graphviz format.
        layout_engine: The graphviz engine used for the rendering.
            See "man dot" for more details.
        format: The output graphviz terminal.
            See "man dot" for more details.
    Returns:
        The bytes of the output image iff successful, None otherwise.
    """
    cmd = ['dot', '-T' + format, '-K', layout_engine]
    dot = Popen(cmd, stdin=PIPE, stdout=PIPE, stderr=PIPE)
    stdoutdata, stderrdata = dot.communicate(s_dot.encode("utf-8"))
    status = dot.wait()
    if status == 0:
        return stdoutdata.decode("utf-8")
    else:
        fstr = "dot returned {}
[==== stderr ====]
{}"
        print(fstr.format(status, stderrdata.decode('utf-8')))
        print("Input dot string was:
%s
" % s_dot);
        raise RuntimeError("run_graphviz: invalid string")

Conseils concernant ton code

 Déclarer une fonction dans une boucle n'est pas l'endroit le plus indiqué, mieux vaut la déclarer en début de fichier.
 Pour améliorer la lisibilité de ton code, il serait préférable de déclarer tes variables globales (chemins...) en début de fichier et de leur donner un nom tout en capitales.
 Généralement on met le programme principale dans une fonction (e.g. main) ce qui permet par la suite de définir des points d'entrée (voir setup.py).

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-

def main():
    # programme

if __name__ == '__main__':
    main()
    sys.exit(0)

Bonne chance

Comment intégrer un code bash dans pyhton

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