Conception site - 100% include

Bonjour,

Actuellement en train de créer un site en PHP je me pose une question assez importante. Actuellement mon site se compose d'un index principal avec du 100% include. C'est-à-dire que chaque lien présent sur l'index charge un morceau de page PHP dans l'index principal. C'est plutôt léger et facile à gérer du coup. Sauf que, en ce qui concerne le référencement de mon site, j'ai peur que ces morceaux de pages soient indexés dans les moteurs de recherche. Et si cela arrive et qu'un visiteur clique sur le lien direct de l'un de ces morceaux de pages il va charger ce dernier sans son "contenant" ce qui va flinguer complètement le CSS. Je ne sais pas si j'arrive à me faire comprendre. Comment faire du coup ? Quelle méthode est la meilleure ? Dois-je quand même faire une page complète pour chaque cible de lien ? J'aimerais éviter d'avoir à empêcher le référencement de ces morceaux de pages puisqu'ils contiennent tout le contenu de mon site.