Les 2 parties de mon programme ne marchent pas ensemble

Bonjour,
J'ai deux parties dans mon programme. Elles marchent séparément mais pas ensemble. Il s'agit : d'un programme qui élimine les stopwords (mots grammaticaux) dans une chaîne, et d'un programme qui fait le tri des mots et compte leur occurrence.
Ce que je veux faire c'est combiner ces 2 programmes, c'est-à-dire avoir des mots "pleins" (sans mots grammaticaux) triés avec leur nombre d'occurrences.
Voilà où se situe le problème précisément :
Il est à noter que :
- le if permet d'éliminer le stopword. Il marche quand il n'y a pas de for.
- le for permet de trier. Il marche quand il est en dehors du if.

if (i == nombre_stopword -1) // parcourt de tout le tableau_stopword sans trouver un mot egale a words.
                {
              
      for (i = 0; i < nbMots; i++){
 
       printf("%s : %d fois\n", strlwr(tableau[i].words), tableau[i].nbOcc); 
       // Modification avec le tri ici 
       
       char ch1[4]="\n";
       char *ch2 = tableau[i].words;
       lexique = strcat(ch1,ch2);
       fputs(lexique,fichier_lexique);
   }
        
                words = strtok(NULL," ,'."); 
   }

Merci