Modifier une chaine de caractère d'un fichier

import java.util.Collection;
import java.util.LinkedHashSet;
 
public class Extract {
 
	public static void main(String[] args) {
 
		  final String ZONE_B = "#>";
		  final String ZONE_E = "#<";
		  final String VALUE_B = "{";
		  final String VALUE_E = "}";
		
 
		
		Collection<String> mots = new LinkedHashSet<>(); // si on voulait avoir tous les mots : Collection<String> mots =  new ArrayList<>(); 	
 
 
		String string = "#----------------------------------------------------------------------\n" +
				        "#{toto}"+
						"# Variables\n" +
						"#----------------------------------------------------------------------\n" +
						"#> should be formatted by calmod_python\n" +
						"set conf_etudie = \"{etude}_{SIT}_sylda_{h_sylda}\"\n" +
						"set dir_listing  = \"{userPath}/{etude}/script/{etude}_{SIT}_sylda_{h_sylda}/{conf_cu}/{logName}/{horodate}/listing\"\n" +
						"set dir_tem = \"{userPath}/{etude}/script/{etude}_{SIT}_sylda_{h_sylda}/{conf_cu}/{logName}/{horodate}/temoin\"\n" +
						"set dir_res = \"{userPath}/{etude}/script/{etude}_{SIT}_sylda_{h_sylda}/{conf_cu}/{logName}/{horodate}/results\"\n" +
						"set dir_UCI_cree = \"{userPath}/{etude}/script/{etude}_{SIT}_sylda_{h_sylda}/{conf_cu}/{logName}/{horodate}/UCI_cree\"\n" +
						"#< end the formatted line\n" +
						"set fic_tem =  calmod.tem\n" +
						"#----------------------------------------------------------------------\n";
 
		String[] tab = string.split("\n").clone();
 
 		for ( int i = 0; i < tab.length; i++ ) { // on pourrait faire comme ça aussi : for(String line : tab ) { 
 
 		    System.out.println(i + " : " + tab[i]);
 
 		    int index1 = tab[i].indexOf("{"); // nous donne l'emplacement du premier "{"
 		    while( index1>=0 ) { // tant qu'on trouve une {
 
 
 		        int index2 = tab[i].indexOf("}", index1); // on cherche le } qui suit
 		        if ( index2>= 0 ) { // si on trouve un }
 
		                // on pourrait tester ici un cas d'erreur si on a 2 { qui se suivent sans } entre :
 		                int index3 = tab[i].lastIndexOf("{", index2); // on cherche le { qui précède le }
 		                if ( index3!=index1 ) { // si ce n'est pas le même que index1, on a forcément { ... { ... }
 		                     System.err.println("Problème dans le fichier : { non fermée en " + index1 );
 		                }
 
 		                String x = tab[i].substring(index1+1, index2); // on extrait le mot trouvé entre { et } // ICI CORRECTION tab[i] à la place de yes et le +1 que j'ai oublié
 		                // System.out.println("x = " + x);  // et on l'affiche (ou on le stocke dans une ArrayList pour l'utiliser ailleurs...)
 
                        mots.add( x ); // on stocke le mot 		 
 
 
 		        }
 		        else {
 
 		            // on a trouvé un { mais pas de } après : c'est probablement une erreur
 		            System.err.println("Problème dans le fichier : { non fermée en " + index1);
 		            break; // on sort de la boucle, parce que ce n'est pas la peine de continuer de chercher
 
 		        }
 
 		        index1 = tab[i].indexOf("{", index2 ); // on cherche le mot suivant dans la ligne
 
	 		} // fin de la boucle while
 
 		} // fin de la boucle for
 
 		for(String current : mots) // pour chaque String current dans mots
		{
			  System.out.println(current); // on affiche current
		}
 		
 		
 		 // pour trouver les positions #> et #<
 		System.out.print("Found Index :" );
	    System.out.println(string.indexOf( "#>" ));  
	    System.out.print("Found Index :" );
	    System.out.println(string.indexOf( "#<" ));
	       
	  	 // pour extraire la chaîne entre la position premier incluse et la position dernier exclue.   
	       int a = string.indexOf("#>");
	       int b = string.indexOf("#<");
	} 
 
}