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Bonjour,
je souhaiterai utiliser le script suivant pour extraire des séquences fasta (sequences.fa) à partir d'une liste d'identifiants (ids.txt).
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::DB::Fasta;
my $database;
my $fasta_library;
my %records;
open IDFILE, "ids.txt" or die $!;
open OUTPUT, "test_output" or die $!;
# name of the library file - (here it is hardcoded)
$fasta_library = 'sequences.fa';
# creates the database of the library, based on the file
$database = Bio::DB::Fasta->new("$fasta_library") or die "Failed to creat Fasta DP object on fasta library\n";
# now, it parses the file with the fasta headers you want to get
while (<IDFILE>) {
my ($id) = (/^>*(\S+)/); # capture the id string (without the initial ">")
my $header = $database->header($id);
#print "$header\n";
print ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
print OUTPUT ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
}
exit;
Il fonctionne et me sort les bonnes séquences par contre j'ai le message suivant:
"Filehandle OUTPUT opened only for input at ./test_bioperl.pl line 27."
et les séquences s'affichent mais ne sont pas stockées dans test_output
Je commence à peine à utiliser des scripts et il y a sûrement quelque chose qui m'échappe, quelqu'un peut-il m'expliquer?
Merci d'avance
je souhaiterai utiliser le script suivant pour extraire des séquences fasta (sequences.fa) à partir d'une liste d'identifiants (ids.txt).
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::DB::Fasta;
my $database;
my $fasta_library;
my %records;
open IDFILE, "ids.txt" or die $!;
open OUTPUT, "test_output" or die $!;
# name of the library file - (here it is hardcoded)
$fasta_library = 'sequences.fa';
# creates the database of the library, based on the file
$database = Bio::DB::Fasta->new("$fasta_library") or die "Failed to creat Fasta DP object on fasta library\n";
# now, it parses the file with the fasta headers you want to get
while (<IDFILE>) {
my ($id) = (/^>*(\S+)/); # capture the id string (without the initial ">")
my $header = $database->header($id);
#print "$header\n";
print ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
print OUTPUT ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
}
exit;
Il fonctionne et me sort les bonnes séquences par contre j'ai le message suivant:
"Filehandle OUTPUT opened only for input at ./test_bioperl.pl line 27."
et les séquences s'affichent mais ne sont pas stockées dans test_output
Je commence à peine à utiliser des scripts et il y a sûrement quelque chose qui m'échappe, quelqu'un peut-il m'expliquer?
Merci d'avance
A voir également:
- Script BioPerl:
- Script vidéo youtube - Guide
- Ghost script - Télécharger - Polices de caractères
- Mas script - Accueil - Windows
- Script cmd - Guide
- Script download - Télécharger - Édition & Programmation
3 réponses
Bonjour,
J'ignore si tu as résolu ton problème.
Pour ouvrir un fichier en écriture, tu dois spécifier à l"instruction "open" le mode l'ouverture du fichier.
Si le mode n'est pas spécifié à "open" (comme dans ton cas), Perl ouvre par défaut le fichier en lecture.
Pour ouvrir le fichier en écriture, tu peux remplacer :
par :
et utiliser
Tu devrais aussi fermer tes fichiers avant de terminer ton script.
Plus d'infos sur les pages Perdoc de open et de perlopentut.
Tu peux aussi ajouter
Dal
J'ignore si tu as résolu ton problème.
Pour ouvrir un fichier en écriture, tu dois spécifier à l"instruction "open" le mode l'ouverture du fichier.
Si le mode n'est pas spécifié à "open" (comme dans ton cas), Perl ouvre par défaut le fichier en lecture.
Pour ouvrir le fichier en écriture, tu peux remplacer :
open OUTPUT, "test_output" or die $!;
par :
open(my $testoutput, ">", "test_output") or die $!;
et utiliser
$testoutputcomme filehandle.
Tu devrais aussi fermer tes fichiers avant de terminer ton script.
close($testoutput) || die "couldn't close file: $!";
Plus d'infos sur les pages Perdoc de open et de perlopentut.
Tu peux aussi ajouter
use warnings;à ton code, cela aide au débogage.
Dal
Bonjour Dal et merci,
j'ai modifié le code comme suit... mais:
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::DB::Fasta;
use warnings;
my $database;
my $fasta_library;
my %records;
open IDFILE, "liste_genes" or die $!;
open OUTPUT, (my $OUTPUT, "output.fa"), or die $!;
# name of the library file - (here it is hardcoded)
$fasta_library = 'gene_name.fa';
# creates the database of the library, based on the file
$database = Bio::DB::Fasta->new("$fasta_library") or die "Failed to creat Fasta DP object on fasta library\n";
# now, it parses the file with the fasta headers you want to get
while (<IDFILE>) {
my ($id) = (/^>*(\S+)/); # capture the id string (without the initial ">")
my $header = $database->header($id);
#print "$header\n";
print ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
print $OUTPUT ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
close ($OUTPUT) or die "couldn't close file: $!";
}
exit;
Mais voilà les erreurs:
Name "main::OUTPUT" used only once: possible typo at ./bio.pl line 11.
>gene_1458
MSPKAVLVGLPGSGKSTIGRRLAKALGVNVYDTDTGIETEAGRTIAQIFANDGEPEFRRIEESVIRQALDQQDGVVSLGGGAVLTPGVREALAGHTVVYLEISAAEGIRRTGGSVVRPLLAGPDRAEKYHALMSQRVPLYREVATIKVNTDRRNPGAVVRMIVSRLENPEGSAGSASSRRRRPRRRPRSRRRSAGAAAVTQTNTSGTETRERADND
Can't use an undefined value as a symbol reference at ./bio.pl line 28
je ne comprends pas ces erreurs :/
j'ai modifié le code comme suit... mais:
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::DB::Fasta;
use warnings;
my $database;
my $fasta_library;
my %records;
open IDFILE, "liste_genes" or die $!;
open OUTPUT, (my $OUTPUT, "output.fa"), or die $!;
# name of the library file - (here it is hardcoded)
$fasta_library = 'gene_name.fa';
# creates the database of the library, based on the file
$database = Bio::DB::Fasta->new("$fasta_library") or die "Failed to creat Fasta DP object on fasta library\n";
# now, it parses the file with the fasta headers you want to get
while (<IDFILE>) {
my ($id) = (/^>*(\S+)/); # capture the id string (without the initial ">")
my $header = $database->header($id);
#print "$header\n";
print ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
print $OUTPUT ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
close ($OUTPUT) or die "couldn't close file: $!";
}
exit;
Mais voilà les erreurs:
Name "main::OUTPUT" used only once: possible typo at ./bio.pl line 11.
>gene_1458
MSPKAVLVGLPGSGKSTIGRRLAKALGVNVYDTDTGIETEAGRTIAQIFANDGEPEFRRIEESVIRQALDQQDGVVSLGGGAVLTPGVREALAGHTVVYLEISAAEGIRRTGGSVVRPLLAGPDRAEKYHALMSQRVPLYREVATIKVNTDRRNPGAVVRMIVSRLENPEGSAGSASSRRRRPRRRPRSRRRSAGAAAVTQTNTSGTETRERADND
Can't use an undefined value as a symbol reference at ./bio.pl line 28
je ne comprends pas ces erreurs :/
Je ne dispose pas de Bio::DB::Fasta sur ma machine, ni des données que tu utilises, alors, je ne peux pas tester ton script.
Tu n'as pas effectué les modifications que j'ai suggérées mais d'autres modifications.
En Perl, il n'est plus recommandé d'utiliser des mots nus ("barewords" en anglais) en tant que filehandle (comme "OUPUT") depuis près de 15 ans, mais des variables scalaires (comme $ouput).
Les raisons sont diverses, tu en as un échantillon là :
https://wiki.sei.cmu.edu/confluence/display/perl/FIO00-PL.+Do+not+use+bareword+file+handles
https://perlmaven.com/open-files-in-the-old-way
Tu trouveras toujours du code sur Internet correspondant à l'ancienne école, mais ce n'est plus considéré la bonne façon de faire.
Si tu tiens à utiliser des mots nus (ce qu'il est possible de faire dans les versions actuelles de Perl, même avec "strict", pour des raisons de compatibilité), il faut le faire tout au long de ton code pour un filehandle donné, bien penser à fermer les fichiers et avoir à l'esprit les problèmes de sécurité que cela peut poser, et le fait que le mot nu a une portée globale.
Ton code (non testé) serait alors :
cependant, la façon correcte de faire serait d'utiliser des filehandles scalaires, et probablement, ton close est mal placé et devrait se situer à l'extérieur de la boucle while, ce qui donnerait :
(non testé non plus, car je ne dispose pas de Bio::DB::Fasta sur ma machine, ni des données que tu utilises)
Dal
Tu n'as pas effectué les modifications que j'ai suggérées mais d'autres modifications.
En Perl, il n'est plus recommandé d'utiliser des mots nus ("barewords" en anglais) en tant que filehandle (comme "OUPUT") depuis près de 15 ans, mais des variables scalaires (comme $ouput).
Les raisons sont diverses, tu en as un échantillon là :
https://wiki.sei.cmu.edu/confluence/display/perl/FIO00-PL.+Do+not+use+bareword+file+handles
https://perlmaven.com/open-files-in-the-old-way
Tu trouveras toujours du code sur Internet correspondant à l'ancienne école, mais ce n'est plus considéré la bonne façon de faire.
Si tu tiens à utiliser des mots nus (ce qu'il est possible de faire dans les versions actuelles de Perl, même avec "strict", pour des raisons de compatibilité), il faut le faire tout au long de ton code pour un filehandle donné, bien penser à fermer les fichiers et avoir à l'esprit les problèmes de sécurité que cela peut poser, et le fait que le mot nu a une portée globale.
Ton code (non testé) serait alors :
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Bio::DB::Fasta;
use warnings;
my $database;
my $fasta_library;
my %records;
open IDFILE, "liste_genes" or die $!;
open OUTPUT, ">", "output.fa", or die $!;
# name of the library file - (here it is hardcoded)
$fasta_library = 'gene_name.fa';
# creates the database of the library, based on the file
$database = Bio::DB::Fasta->new("$fasta_library") or die "Failed to creat Fasta DP object on fasta library\n";
# now, it parses the file with the fasta headers you want to get
while (<IDFILE>) {
my ($id) = (/^>*(\S+)/); # capture the id string (without the initial ">")
my $header = $database->header($id);
#print "$header\n";
print ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
print OUTPUT ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
close (OUTPUT) or die "couldn't close file: $!";
}
exit;
cependant, la façon correcte de faire serait d'utiliser des filehandles scalaires, et probablement, ton close est mal placé et devrait se situer à l'extérieur de la boucle while, ce qui donnerait :
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Bio::DB::Fasta;
my $database;
my $fasta_library;
my %records;
open my $idfile, "<", "liste_genes" or die $!;
open my $output, ">", "output.fa", or die $!;
# name of the library file - (here it is hardcoded)
$fasta_library = 'gene_name.fa';
# creates the database of the library, based on the file
$database = Bio::DB::Fasta->new("$fasta_library") or die "Failed to creat Fasta DP object on fasta library\n";
# now, it parses the file with the fasta headers you want to get
while (<$idfile>) {
my ($id) = (/^>*(\S+)/); # capture the id string (without the initial ">")
my $header = $database->header($id);
#print "$header\n";
print ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
print $output ">$header\n", $database->seq( $id ), "\n";
}
close ($output) or die "couldn't close file: $!";
exit;
(non testé non plus, car je ne dispose pas de Bio::DB::Fasta sur ma machine, ni des données que tu utilises)
Dal
