Url avec et sans www et son référenement

Bonjour, j'ai une question que je parviens pas à élucider, je vous la pose donc ici :p

J'ai un problème avec un site que je référence depuis plusieurs mois : j'étais parvenu à le faire monter en bonne position sur des mots clés choisis ; cependant un hack du serveur à fait que mon site à intégralement disparu pendant près de 2 jours. Lorsqu'il est réapparu tout le travail de référencement semblait avoir été annulé.

Ne me décourageant pas, je reprend le référencement. Cependant, c'est là qu'est ma question ; il se trouve que mon site est réapparu sans les "www" dans l'url. Je ne l'ai repéré qu'il y a quelques jours, alors que le hack a eu lieu il y a déjà plusieurs mois. Je m'étonnais de ne pas remonter en bonne position, au moins sur les mots clés les plus accessibles.

Comme depuis le début, lorsque je créer des backlinks je met l'url "http://www.monsite.com", se pourrait-il que du coup cela ne serve à rien ? puisque l'url de mon site est devenue "http://monsite.com" ?

Est ce que les deux sont liés, totalement dissociés ? Devrait-je travailler sans les www ?

Merci d'avance d'éclairer ma lanterne !