Programme qui calcule du binaire -> où est le problème?

import java.util.Scanner;
public class binaire2
{
  public static void main(String args[])
  {
	Scanner clavier = new Scanner(System.in);
	
	
	boolean bon = false ; //on  en supposant que la chaine binaire entré est bonne	
	String nb = "";
	do{
		System.out.println("Entrez un nombre binaire sur 8 bits: ");
		nb = clavier.nextLine();
		boolean estBinaire = true ;
		for (int i=0; i<nb.length() & estBinaire ;i++)
			estBinaire = nb.charAt(i) == '1' | nb.charAt(i) == '0';
		if (estBinaire && nb.length() == 8 )bon = true; 
	
	}while(!bon);// nb correctement initialisé
	
	//.................................................................. partie positif
	int cpt = 0;
	int x;
	int signe;
	x = nb.charAt(cpt)-'0';
	
	if (x == 0)  // on vérifie si le nombre binaire est: positif
	{
	signe = 0; //positif
	}
	else
	{
	signe = 1; //négatif
	System.out.println("x vaut 1");
	}
	
	double total = 0;
	cpt = 1;
	
	while(cpt < nb.length() && bon == true && signe == 0) // Compte la taille du string
	{
		System.out.println("bouclepositif");
	x = nb.charAt(cpt)-'0'; // x contiendra les nombres binaire
	
		total = total + Math.pow(2,(nb.length()-cpt))*x;
		cpt++;	
	}
	//total = total/2;//Tout les résultats se trouvai au double sans..
	
	//......................................................................partie négatif

	
	StringBuffer A1 = new StringBuffer("");
	
	while(cpt < nb.length() && bon == true && signe == 1) // Compte la taille du string
	{
		System.out.println("bouclenégatif");
	x = nb.charAt(cpt)-'0'; // x contiendra les nombres binaire
	System.out.println("x neg vaut:"+x);
		if (x == 0) // complément A1
		{		
			System.out.println("Le nombre x 1 est :"+x);
			
			A1.append("1"); //on reconstitue une nouvelle chaine binaire
			cpt++;
			
			System.out.println("Le nombre A1 est :"+A1);
		}
		else
		{
			System.out.println("Le nombre x 2 est :"+x);
			
			A1.append("0"); //on reconstitue une nouvelle chaine binaire
			cpt++;
		}
	}
	
	System.out.println("Le nombre A1 est :"+A1);
	
	cpt = 0;
	
	while(cpt < nb.length()-1 && bon == true && signe == 1) // Compte la taille du string
	{
		x = nb.charAt(cpt)-'0'; // x contiendra les nombres binaire
		
		if (x == 0 && signe == 1) // complément A2
		{
			A1.setCharAt(cpt,'1');
			System.out.println("Troll");
			cpt++;
		}
		else
		{	
			A1.setCharAt(cpt,'0');
			
			signe = 0;
			System.out.println("Fin");
		}
		
	}
    
	System.out.println("Le nombre A1 est :"+A1);
	
	while(cpt < nb.length()-1 && bon == true && signe == 0) // Compte la taille du string
	{
	total = total + Math.pow(2,(A1.length()-cpt))*x;
	cpt++;
	}
	
	total = total/2; //Sinon je possède le double de la valeur voulu	
	
	if (bon == true) //si il s'agit bien d'une chaine binaire
	{
	System.out.println("Le nombre décimal est :"+total);
	}
	else // La chaine binaire est mauvaise
	{
	System.out.println("Le nombre binaire que vous avez entré n'est pas bon");
	}

  }
}