Pages html devenues php / contenu dupliqué

Bonjour,

Après avoir changer mes pages html en php. J'avais pris le temps de changer tous mes liens internes pour qu'ils pointent vers les pages php. Cependant j'ai rapidement lu que c'était pas la bonne solution. Donc j'ai remis mes liens en .html et dans le htaccess j'ai mis les lignes de code suivantes :
Options +FollowSymlinks
RewriteEngine on
RewriteRule ^(.*)\.html$ /$1.php [QSA,L]

La réécriture marche correctement, cependant Google a pris le temps d'indexer mes pages php et depuis j'ai le problème des balises title et description en double.

Dois-je demander la désindexation de mes pages php? Et faut-il que je rajoute des conditions dans les fichiers htaccess ou robot.txt?

Merci d'avance. =)