Problème demarrage ordi

Bonjour,
Je dois avoir un virus sur mon ordinateur car depuis qques temps, j'ai plusieurs soucis.
Au démarrage de mon ordi, j'ai eu un message : "Vérification du système sur C: / L'intégralité de l'un de vos disques doit être vérifiée / CHKDSK est en train de vérifier le disque..." puis le segment d'enregistrement de fichier .... est illisible , puis suppression de l'entrée d'index, puis récupération
Après tout ça, j'ai obtenu la page du bureau mais mon clavier et ma souris ne fonctionne plus.
Redémarrage avec message " Fichier BOOT.INI non valide. Démarrage à partir de windoxs.... "et souris et clavier ne fonctionne toujours pas. J'ai branché une souris sur port USB et là ça marche, je peux aller dans mes documents, sur internet...
Comment réparer sans perdre mes documents ?
Merci