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Problema con el comando source

dihia -  
Hola,
para la instalación del software freesurfer necesito ejecutar los dos comandos:
setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
sin embargo, me muestra un mensaje de error para el segundo diciendo que el archivo SetUpFreeSurfer.csh no existe cuando en realidad existe en freesurfer.
gracias por enviarme sus respuestas.

<config>Linux Firefox 3.6.10</config>

26 respuestas

  1.  Xavstarblues Colaborador
    Hola
    ¿Has verificado los derechos sobre el archivo?

    --
    Gracias por leer la carta (arriba de la lista de foros). Gracias por marcar tus temas como resueltos.
    Dura Lex, Sed Lex
    1. dihia
      Hola,
      gracias por tu respuesta.
      Sí, he verificado ejecutando el comando ls -l -t y esto es lo que me muestra:
      -rwxr-xr-x 1 root root 1394 2011-12-30 14:48 SetUpFreeSurfer.csh
      1. Xavstarblues Colaborador

        ¿Puedes hacer un
        chmod 777 en el archivo y volver a probar tu comando?
        O asegurarte de que estás ejecutando tu comando como root?
    2. zipe31 Colaborador
      Hola,

      setenv FREESURFER_HOME usr/local/freesurfer
      ¿No falta una barra delante? 

      setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer

      --
      Zen mis nueces ;-)
      Hagan un gesto por el medio ambiente, cierren sus ventanas y adopten un pingüino.
      1. dihia
        @Xavstarblues: he ejecutado el comando y esto es lo que me devuelve:
        /root> chmod 777 SetUpFreeSurfer.csh
        chmod: no se puede acceder a 'SetUpFreeSurfer.csh': Permiso denegado

        @zip31: no sé, copié el comando del sitio de freesurfer y en todos los sitios se escribe así.
        1. zipe31 Colaborador
          he copiado el comando del sitio de freesurfer
          ¿Tienes un enlace?

          ¿Tu shell es csh?
      3. dihia
        hay este sitio: http://biowulf.nih.gov/apps/freesurfer.html
        no puedo acceder al sitio del freesurferwiki para darte el enlace.
        1. zipe31 Colaborador 
           bash shell: export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.sh csh/tcsh shell: setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.csh

          Tanto en bash como en csh, ambos tienen la barra (/ la raíz del sistema) al principio de la ruta ;-((
      4. dihia
        y ahora me muestra este error:
        % source $FREESURFER_HOME//SetUpFreeSurfer.csh
        /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.csh: Demasiados archivos abiertos.
        4. dihia
          % límite
          tiempo de CPU ilimitado
          tamaño de archivo ilimitado
          tamaño de datos ilimitado
          tamaño de pila 8192 kbytes
          tamaño de volcado de núcleo 0 kbytes
          uso de memoria ilimitado
          memoria bloqueada 64 kbytes
          máx. procesos ilimitados
          archivos abiertos 1024
          2. dihia
            cuando ejecuto el comando limit como root, esto es lo que da:
            /root> limit
            cputime unlimited
            filesize unlimited
            datasize unlimited
            stacksize 8192 kbytes
            coredumpsize 0 kbytes
            memoryuse unlimited
            vmemoryuse unlimited
            descriptors 1024
            memorylocked 64 kbytes
            maxproc unlimited

            y cuando ejecuto el comando: limit openfiles 2048
            el resultado: no existe tal límite
            3. dubcek Colaborador 
              ~/tmp/a# limit descriptors descriptores 1024 ~/tmp/a# limit descriptors 2048 ~/tmp/a# limit descriptors descriptores 2048 ~/tmp/a#
              1. dihia
                :/root> descriptores 1024
                descriptores: Comando no encontrado.
                nassima:/root> límite descriptores
                descriptores 1024
                :/root> límite descriptores 2048
                límite: descriptores: No se puede establecer el límite (Operación no permitida)
                2. dihia
                  Hola,

                  la orden limit descriptors 2048 funcionó, pero al ejecutar el comando: source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh sigo teniendo el mismo error demasiados archivos abiertos.
                  1. dubcek Colaborador 

                    bash export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
                    1. dihia
                      gracias, funcionó, pero tengo otro problema si puedes ayudarme porque ahora debo ejecutar el comando qdec
                      me muestra este error:
                      /usr/local/freesurfer/bin/qdec.bin: Error de formato para exec(). Archivo binario no ejecutable.
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