Hola,

En primer lugar, existen varios tipos de virus.
Algunos infectan programas que utilizas. Este tipo de virus es casi imposible de eliminar manualmente sin alterar el programa que ha sido infectado.
Sin embargo, este tipo de virus ha desaparecido prácticamente del mundo de Windows.

Los virus más frecuentes son simples programas que se inician al arrancar tu Windows, se lanzan en varios ejemplares en memoria para reactivarse si llegas a eliminar uno.

En este tipo de casos, es bastante sencillo deshacerse manualmente del virus (sin embargo, es necesario identificar el nombre del programa que porta). Tendrás que reiniciar en modo seguro tu Windows (tecla F8 al inicio): en este modo, Windows no lanza ningún programa superfluo. Por lo tanto, el virus estará desactivado. Tendrás todo el tiempo necesario para eliminar los programas maliciosos.
Para encontrar los programas que se inician al arranque de tu Windows, si no eres un fanático del registro, utiliza por ejemplo la herramienta MSCONFIG.
Te doy solo las grandes líneas, tú eres quien debe buscar los detalles que te falten. Este tema es amplio.

Con respecto a tu pregunta sobre las memorias USB infectadas, el virus no se propagará automáticamente: tendrás que lanzar (haciendo doble clic, por ejemplo) el programa que contiene el virus (y además el PC no debe estar usando un antivirus que detecte el mismo).
Solo hay un caso en el que el virus podría propagarse sin intervención del usuario: tendría que ser que la memoria USB en cuestión emule un lector de CD y que el virus se lance a través de la función de autorun de Windows (solo algunos modelos de memorias USB pueden hacer esto). Además, el usuario no debería haber desactivado la función de autorun y debería haber elegido que al insertar un CD en el lector, la acción por defecto sea lanzar el programa "Autorun".

Por lo tanto, hay poco riesgo de contaminación por un simple enchufe de memoria, a menos que la persona que hizo eso lo hiciera intencionadamente.

Buena suerte.