Avidemux ne répond pas

Bonjour , lors d'un réencodage d'une vidéo de 1h30 MPEG TS en mp4 après avoir supprimer des séquences indésirables et appliqué le flouteur de logo , avidemux ne répond plus à 93/100. 

Je l'ai fait 2 fois et ça ne répond plus à 93/100.

J'ai fait cette manip sur des vidéos courtes toujours en MPEG TS et là tout va bien et après avoir fait des couper et là ca fonctionne .

Quelqu'un put m'expliquer pourquoi et comment y remédier?

Ne devrais-je faire les coupures qu'après réencodage?