Programme python qui recherche toutes les occurrences d’un site de restriction
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ERMO
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14 nov. 2020 à 19:37
yg_be Messages postés 22730 Date d'inscription lundi 9 juin 2008 Statut Contributeur Dernière intervention 26 avril 2024 - 17 nov. 2020 à 18:19
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A voir également:
- Programme python qui recherche toutes les occurrences d’un site de restriction
- Site de telechargement - Guide
- Restriction instagram - Guide
- Site de vente entre particulier - Guide
- Site inaccessible - Guide
- Recherche musique - Guide
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yg_be
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14 nov. 2020 à 22:59
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J'ai réussi à lire la séquence au format FASTA, et à l'afficher par bloc de 60. Cependant je n'arrive pas à mettre en évidence le site de restriction rentré par l'utilisateur.
Voici ce que j'ai essayé:
nom_fichier = input('Quel est le nom du fichier FASTA contenant la séquence ? ')
fichier_fasta = open(nom_fichier) #ouverture fichier FASTA contenant la séquence
nom = fichier_fasta.readline().strip() #On passe la premiere ligne
sequence = '' # boucle de lecture de la sequence
for ligne in fichier_fasta.readlines() :
sequence = sequence + ligne.strip()
fichier_fasta.close() #fermeture fichier FASTA
sequence=sequence.lower()
# affichage par bloc de 60
for i in range(0,len(sequence),60) :
print(sequence[i:i+60])
Voici ce que j'ai essayé:
nom_fichier = input('Quel est le nom du fichier FASTA contenant la séquence ? ')
fichier_fasta = open(nom_fichier) #ouverture fichier FASTA contenant la séquence
nom = fichier_fasta.readline().strip() #On passe la premiere ligne
sequence = '' # boucle de lecture de la sequence
for ligne in fichier_fasta.readlines() :
sequence = sequence + ligne.strip()
fichier_fasta.close() #fermeture fichier FASTA
sequence=sequence.lower()
# affichage par bloc de 60
for i in range(0,len(sequence),60) :
print(sequence[i:i+60])
yg_be
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16 nov. 2020 à 20:54
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peux-tu relire soigneusement la page dont je t'ai envoyé le lien? elle explique, entr'autres, comment poster du code.
J'ai réussi à lire la séquence au format FASTA, et à l'afficher par bloc de 60. Cependant je n'arrive pas à mettre en évidence le site de restriction rentré par l'utilisateur.
Voici ce que j'ai essayé:
Voici ce que j'ai essayé:
<code csharp>nom_fichier = input('Quel est le nom du fichier FASTA contenant la séquence ? ')
fichier_fasta = open(nom_fichier) #ouverture fichier FASTA contenant la séquence
nom = fichier_fasta.readline().strip() #On passe la premiere ligne
sequence = '' # boucle de lecture de la sequence
for ligne in fichier_fasta.readlines() :
sequence = sequence + ligne.strip()
fichier_fasta.close() #fermeture fichier FASTA
sequence=sequence.lower()
# affichage par bloc de 60
for i in range(0,len(sequence),60) :
print(sequence[i:i+60])</code>
yg_be
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17 nov. 2020 à 14:30
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si c'est du python, pourquoi le postes-tu avec les balises pour c#?
je ne vois pas où tu essaies de faire quelque chose avec le site de restriction.
je ne vois pas où tu essaies de faire quelque chose avec le site de restriction.
Le programme doit demander un site de restriction à l'utilisateur. Il s'agit d'une suite de lettres. Ensuite le programme doit repérer et mettre en évidence ce site dans la séquence qu'il a lu dans le format FASTA.
Exemples d'exécution :
Nom du fichier de la sequence d'ADN (format fasta) : seq1.txt
Entrez un site de restriction : AAGCTT
affichage en majuscules des sites de restriction trouves :
tgcggctgagggcggattcctggtggatccggtgaacggccagaagatcaccgtgttAAG
CTTgcgcgacccggccaacatcaactgggccagtgggaattcctggagccgaattcgtat
gtggtggagtccaccggagtgttcaccaccattgacaagAAGCTTgcgtccacccacttg
aagggcgg
Exemples d'exécution :
Nom du fichier de la sequence d'ADN (format fasta) : seq1.txt
Entrez un site de restriction : AAGCTT
affichage en majuscules des sites de restriction trouves :
tgcggctgagggcggattcctggtggatccggtgaacggccagaagatcaccgtgttAAG
CTTgcgcgacccggccaacatcaactgggccagtgggaattcctggagccgaattcgtat
gtggtggagtccaccggagtgttcaccaccattgacaagAAGCTTgcgtccacccacttg
aagggcgg
nom_fichier = input('Quel est le nom du fichier FASTA contenant la séquence ? ')
fichier_fasta = open(nom_fichier) #ouverture fichier FASTA contenant la séquence
nom = fichier_fasta.readline().strip() #On passe la premiere ligne
sequence = '' # boucle de lecture de la sequence
for ligne in fichier_fasta.readlines() :
sequence = sequence + ligne.strip()
fichier_fasta.close() #fermeture fichier FASTA
sequence=sequence.lower()
# affichage par bloc de 60
for i in range(0,len(sequence),60) :
print(sequence[i:i+60])
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17 nov. 2020 à 18:19
17 nov. 2020 à 18:19
à toi maintenant de trouver comment continuer l'exercice.
si tu ne trouves vraiment pas, je suggère de faire d'abord des exercices plus simples.
si tu ne trouves vraiment pas, je suggère de faire d'abord des exercices plus simples.
